Co je to prohlížeč genomu?

Prohlížeč genomu je webové rozhraní používané k prohlížení fyzické mapy chromozomu.Tato mapa ukazuje, kolik DNA odděluje dva geny, měřeno v párech bází.Lidské chromozomy se pohybují ve velikosti od 50 milionů do více než 250 milionů párů bází.Prohlížeč genomu ukazuje schematické reprezentace celých chromozomů a také přibližují schémaci jednotlivých genů a dokonce i skutečnou sekvenci párů bází.Mnoho prohlížečů genomu umožňuje uživateli přiblížit se na úrovni sledování skutečné sekvence DNA, ačkoli skutečná užitečnost prohlížeče je ve schopnosti prohlížet geny v jejich větším kontextu, spíše než zobrazit sekvenci DNA na úrovni nukleotidů.Průměrná velikost genu je 3 000 párů bází, takže když se přiblíží na úrovni páru základních párů, uživatel uvidí méně než celý gen.Největší lidský gen, dystrofin, má 2,4 milionu párů bází dlouhé.To může zahrnovat část genu, který je přeložen do proteinu, nazývaného mRNA, a DNA sekvence, které mají jiné funkce než kódování pro protein.Prohlížeč genomu může také ukázat, které segmenty DNA byly použity v procesu sekvenování genomu.Neexistuje žádný jediný prohlížeč, který je standardní pro pole genomiky, takže prohlížeče genomu se mohou mezi sekvenovanými genomy lišit.Prohlížeče genomu mají funkci, že budou schopni vyhledat geny nebo sekvence, což umožňuje uživateli skočit z jednoho genomického umístění na druhé.Nebylo by účinné procházet se přes chromozom, abychom se dostali na místo zájmu, kvůli velmi velké velikosti většiny chromozomů.Tento nástroj zobrazuje tabulku genů, které se vzájemně vztahují.Vztah může být jedním z několika typů: homologie sekvence, podobný expresní profil nebo genomická blízkost.Uživatel hledá gen pomocí slova nebo fráze, vybere typ vztahu, který by chtěl, a genův třídič zobrazuje výsledky vyhledávání.