Co je sekvenování bisulfitu?

Bisulfitové sekvenování je metoda, ve které jsou různé oblasti DNA analyzovány pomocí methylace.Methylace je proces přidávání specifické molekuly, nazývané methylové skupiny, do nukleotidu, v tomto případě obvykle cytosin.Neaktivní nukleotidy jsou často methylovány, takže tuto metodu lze použít pro různé účely, od stanovení aktivních oblastí genomu až po identifikaci oblastí bohatých na geny.V sekvenování bisulfitu nejsou methylovaný cytosiny ovlivněny procesem sekvenování, zatímco ne-methylované cytosiny jsou přeměněny na uracil, nukleotid, který se obvykle nenachází v genetickém materiálu, deoxyribonukleová kyselina (DNA.)Methylace, tak malé změny vazby mohou vědcům poskytnout specifické informace o konkrétních nukleotidech.Bisulfit sodný přeměňuje cytosin na uracil, ale k přeměně dochází v prostředí, kde methylovaný cytosin tuto změnu podrobí.Když je bisulfitové sekvenování dokončeno, původní DNA byla přeměněna na výrazně odlišnou molekulu.Cytosiny budou velmi vyčerpány nebo potenciálně nepřítomné.Pokud je cytosin stále nalezen v této převedené molekule, představuje přirozeně methylovaný cytosin v uvažovaném genomu.Jeho nejvýznamnější nevýhodou je, že pro správnou práci vyžaduje velmi vysokou koncentraci soli.Sůl podporuje žíhání jednovláknové DNA do přirozenější dvojité šroubovice a bisulfit sodný nemůže vždy dosáhnout cytosinů, když jsou součástí dvouvláknové DNA.Pokud je koncentrace soli příliš vysoká, nemusí být řada cytosinů přeměněna na uracil, což má za následek falešnou identifikaci methylovaných cytosinů v genomu.Pro minimalizaci počtu falešně pozitivních identifikací mohou být nezbytné denaturační činidla.Na původním zdroji nukleové kyseliny nezáleží, ale zdrojem musí být DNA.Teoreticky by mohla být pomocí této metody sekvenována kyselina ribonukleová (RNA), protože většina RNA je jednorázová a nebyla by náchylná k falešným pozitivům kvůli blokovanému nukleotidů.Při uvedení do praxe však sekvenování bisulfitu není pro RNA užitečné, protože RNA má v sobě přirozeně uracil.Bez jakéhokoli vnějšího značení nebo doplňování protokolu by byly převedené cytosiny nerozeznatelné od přirozeného uracilu.Citlivé metody, jako je sekvenování bisulfitu, nabízejí spolehlivý prostředek sekvenční analýzy, což zase umožňuje genovou analýzu a identifikaci cílů pro léky a terapie.Ačkoli tuto metodu nelze použít na živé lidi, může to být stále velkou pomocí pouze s nejmenšími vzorky tkání, se kterými lze pracovat.