Co je to mikročipová analýza?

Analýza mikročistoty DNA se používá v molekulární biologii a diagnostické medicíně k určení, které geny v buňce jsou zapnuty v určitém okamžiku.Tato technika je známá jako multiplexní test, protože může měřit tisíce vzorků v jediném testu.Techniky mikroanalýzy DNA se používají k interpretaci dat z testů prováděných na RNA i DNA, v závislosti na konkrétních požadavcích experimentu.sekvence DNA představují konkrétní gen.Experiment pro analýzu mikročipů se provádí na pevném povrchu vyrobeném ze skleněného nebo silikonového čipu, na kterém je položen chemickou matrici.Na povrchu sond matrice DNA nebo RNA jsou zařazeny do řádných řádků.

Jakmile je čip nastaven s požadovanými sondami, jsou připraveny studované buňky.Pro přípravu buněk musí být rozbité otevřené, aby mohly být izolovány nukleové kyseliny, které obsahují.Přidá se řada činidel pro extrakci a koncentrování nukleových kyselin obsažených v buňkách.Dále se do čipu přidá extrakt nukleové kyseliny, který je potom několik hodin ponechán, aby byl čas pro sondy interagovat a vázat se na buněčné nukleové kyseliny.Nakonec se do CHIP přidá další řada činidel k identifikaci míst, kde se buněčné nukleové kyseliny vázaly na sondy. Analýza mikročipů se pak použije k určení, které sondy byly schopny detekovat buněčné nukleové kyseliny.Toto je často komplexní analýza, protože jeden jediný čip může obsahovat desítky tisíc jedinečných sond.Pořadí sond na čipu je uloženo v počítačové databázi, aby bylo možné snadno získat výsledky.Pomocí čipu a databáze může vědec vyvinout seznam genů, které se vázaly na sondy, a proto byly přítomny v původním buněčném extraktu.

Technika analýzy mikročipů se běžně používá při profilování genové exprese.V tomto typu experimentu je microarray nastaven tak, aby zkoumal vzorce genové exprese v buňkách.Sondy pro zajímavé geny jsou zahrnuty do mikročipu a když je experiment dokončen, analýza dat mikročipů může určit, které studované geny byly zapnuty v určitý čas.

Mezi další použití pro tuto techniku patří srovnávací genomická hybridizace a detekce SNP.Srovnávací genomická hybridizace je test, který zkoumá genomický obsah v buňkách souvisejících organismů.Tento typ testu poskytuje informace o genetických vztazích mezi různými druhy. Detekce SNP je technika, kterou lze použít při forenzní analýze, analýze genetické vazby a hodnocení rizik genetického onemocnění.SNP jsou jednotlivé nukleotidové polymorfismy, umístění na genomu, ve kterých existují dvě možné sekvence párů bází.SNP mohou poskytnout řadu užitečných genetických informací kvůli skutečnosti, že v různých etnických a geografických populacích existují různé variace SNP.