Co je to sekvenování brokovnice?

Sekvenování brokovnice je metoda sekvenování DNA, kdy je dlouhý úsek DNA fyzicky rozdělen na malé (přibližně 2 000 párů based), které jsou klonovány, sekvenovány a sestaveny pomocí počítačové analýzy.Byl vyvinut a proslavil Craig Venter z Celera Corporation.Společnost Venter vyvinula techniku v roce 1996 při práci v Institutu pro výzkum genomu.

Venter založil Celera v roce 1998 s posláním sekvenování lidského genomu do tří let.Tento cíl byl v přímé konkurenci s již provozujícím projektem Human Genome Project, konsorcium univerzit, které společně sekvencí lidského genomu pomocí starší strategie zvané sekvenování založené na MAP nebo BAC-BAC.Tato metoda zahrnovala nejprve rozbití genomu na 150 000 kusů páru základních párů nazývaných BAC, sestavoval BAC v pořádku a poté podrobně sekvencoval každý BAC.Proces začíná získáváním vzorku DNA s vysokou molekulovou hmotností z zajímavého organismu a fyzickým rozdělením na malé kousky procházením úzkorozchodným stříkačkou nebo jejím zvukováním, způsobem rozbití vzorku pomocí zvukových vln.Střih je náhodný proces, takže sekvence fragmentů mezi nimi budou mít určité překrývání.Střihování konkrétně nevytváří 2 000 fragmentů páru základních párů potřebných pro sekvenování, spíše fragmenty požadované velikosti musí být vyčištěny ze směsi.

Dalším krokem je připojit se k fragmentům DNA s nosnou DNA nazývanou vektor.Tento proces je známý jako klonování a vytváří sekvenční knihovnu, ze které bude vytvořena sekvence celého genomu.Je stanovena sekvence každého klonu v knihovně a počítačová analýza se používá k nalezení překrývajících se nebo spojitých sekvencí v každém fragmentu.Sestavení překrývání vytváří „kontig“, což je dlouhý nepřetržitý úsek sekvence DNA.Klonování brokování brokovnice obvykle povede k určitým mezerám mezi kontigy, protože některé sekvence v knihovně chybí náhodou.Mezery mohou být vyplněny vytvořením nové knihovny nebo pomocí známých sekvencí k rozšíření ven z kontigu.Protože náhodně fragmenty DNA sekvencí brokovnice sekvenční sekvence, mnoho fragmentů je sekvenováno více než jednou, což vytváří větší jistotu, že sekvence je správná, než kdyby každý fragment byl sekvenován pouze jednou nebo dvakrát.

lidský genom byl sekvenován projektem lidského genomu projektem lidského genomuPoužití sekvenování založeného na mapě a pomocí Celera pomocí sekvenování brokovnice.Sekvenování brokovnice je nyní preferovanou metodou pro jiné druhy sekvenování genomu.Úplné genomy mnoha organismů, jako je rostlina

Arabidopsis thaliana

, rýže, kráva, pes, kuře, šimpanz, krysa, myš, nafouknutí a mnoho mikroorganismů.