Co je databáze genomu?

Genom je sbírka veškerého genetického materiálu přítomného v jednom organismu.Protože sekvence a struktura tohoto genetického materiálu řídí celý biologický život, vědci mají velmi zájem zjistit, pro co jsou všichni.Databáze genomu je křížově odkazovaná sbírka informací o jednom nebo více organismech, takže jeden vědec se může podívat na všechny dostupné genetické informace, které mu pomohou ve výzkumu.informací.Počítačové databáze jsou proto jediným praktickým způsobem organizace detailů na jednom místě.Obecně jsou k dispozici jako online databáze pro vědecký výzkum.Relativně nové oblasti vědy, nazývané

Bioinformatika, se objevila, aby byla zdokonalena způsob, jakým lze biologická data interpretovat pomocí počítačových systémů.Jinak může obsahovat částečné sekvence.Například byly sekvenovány lidské, myš a

Drosophila létající genomy.Když je známa sekvence genomu, mohou genetici identifikovat konkrétní geny v genomu.Každý gen je instruktážní list pro jeden konkrétní buněčný produkt.

Pokud má gen mutaci, má jinou sekvenci než normální funkční gen.Mutace mohou být prospěšné a produkovat užitečnou charakteristiku v mutovaném organismu.Nemohou také nijak nezměnit produkt, nebo mohou být škodlivé pro normální fungování organismu.Například mnoho zdravotních stavů je způsobeno mutacemi v konkrétním genu.

Mutace lze také použít k výpočtu toho, jak úzce související je konkrétní druh jinému, protože se v průběhu času hromadí více mutací.Jednotlivci se mohou také lišit v genomové sekvenci, zejména protože velké části genomu nejsou geny a nekoderují pro žádný esenciální buněčný produkt.Databáze genomu drží sekvenci z organismu, který je označen jako standard, ale mezi libovolně vybraným standardem a ostatními jedinci v druhu bude mnoho menších rozdílů.

Navzdory přítomnosti mnoha rozdílů jsou geny rozpoznatelné prostřednictvím sekvencí.Pokud genetici vědí, co konkrétní gen dělá v jednom organismu, pak gen s podobnou sekvencí u jiného zvířete pravděpodobně vykonává stejnou funkci.Genetici mohou použít databázi genomu buď k identifikaci genu, který studují, nebo k zjištění, co gen dělá.

Každá databáze genomu je prohledávána.Vědci mohou obvykle prohledat databázi jedním z několika různých způsobů.Obvykle může zadat sekvenci genu, který sekvenoval.Poté databáze najde jednu nebo více podobných sekvencí pro srovnání.

Jednodušší způsob vyhledávání databáze zahrnuje hledání klíčového slova genu, jako je název genu.Úřady, jako je americký národní úřad pro biotechnologické informace (NCBI), mohou poskytnout sekvence odlišná referenční čísla a genetik může také prohledat databázi genomu pomocí jednoho z těchto identifikátorů.Může také zúžit výsledky pomocí více parametrů vyhledávání.Informace o křížovém odkazování jsou funkcí většiny databází genomu a výsledek jediného sekvence také poskytne uživateli databáze užitečné odkazy pro více genetických informací.Stejně jako informace o konkrétní sekvenci poskytuje mnoho databází vizuální reprezentaci sekvence a pozoruhodných vlastností této oblasti.

Různé organismy mohou mít specifické databáze genomu, ale některé větší databáze obsahují více než jeden druh.Různé úřady řídí různé dostupné databáze, takže databáze mohou všechny používat odlišné formáty a vyhledávací schopnosti.Mezi příklady těchto úřadů patří NCBI, Evropský bioinformatický institut nebo dokonce jednotlivé univerzity.