Co je sestava genomu?

Sestava genomu se týká procesu užívání mnoha malých kusů genetické sekvence a jejich sloučení do koherentního celého celého genomu organismů.Toto je hlavní zaměření oblasti bioinformatiky a pro tento účel existuje řada projektů genomu.Sestavení genomu se používá k zahájení analýzy genomů mnoha druhů, včetně lidí, rostlin, zvířat a bakterií.

Analýza genů organismů je dlouhý proces a sestavení genomu je jedním z prvních kroků.Mnoho dalších analytických metod je postaveno na úspěšném sestavení a identifikace genů bez něj nemůže postupovat.Ještě předtím, než se objeví geny, může úspěšná sestava genomu stále generovat mnoho užitečných informací pro pozdější analýzu, včetně velikosti genomu, jeho struktury a jeho obecného složení.aniž byste měli obrázek nebo užitečné tvary jako průvodce.Když jsou konfrontovány s prvními kousky genomu, nazývané RAW Reads, jen zřídka jakékoli náznaky, kam jde konkrétní kus, nebo dokonce jak je orientován.Každý kus je kódován podobně se čtyřmi DNA základy, zkráceným A, C, G a T. Genom by mohl být zhutněn do jednoho velkého chromozomu nebo rozdělen do mnoha.Neexistuje rovněž žádná záruka, že některá ze surových čtení nejsou duplikáty stejné oblasti genomu, což by znamenalo, že existuje méně jedinečných informací, než se zdá na první pohled.Ačkoli se genomy mezi druhy výrazně liší, existují určitá pravidla, která sledují specifické typy genomu, a tato lze použít při sestavování jiného genomu stejného typu dohromady.Například, pokud určitý typ organismu má vždy v okolí konkrétní vzorec, kde jsou nalezeny geny, lze při sestavování jiného organismu podobného jinému předpokládat, že nalezení takového vzoru by signalizovalo gen poblíž.Ve větším měřítku má mnoho bakteriálních genomů jeden kruhový chromozom, takže by bylo rozumné předvídat, že všechny surové čtení nových bakterií by se nějak spojily na jeden chromozom.Použití obecných genetických znalostí tímto způsobem může výzkumníkovi umožnit začít mít smysl pro potenciálně stovky tisíc kusů dat.Bez ohledu na metodu, sestavení genomu je velká práce, která je často časově náročná a obtížná.Protože je to základ pro mnoho budoucích genetických analýz na organismu, existuje jen málo prostoru pro chybu.