Hvad er en genombrowser?

En genombrowser er en webgrænseflade, der bruges til at se det fysiske kort over et kromosom.Dette kort viser, hvor meget DNA adskiller to gener, målt i basepar.Humane kromosomer spænder i størrelse fra 50 millioner til over 250 millioner basepar.En genombrowser viser skematiske repræsentationer af hele kromosomer såvel som zoomet i skemaer af enkeltgener og endda den faktiske basepar -sekvens.

En genombrowser giver brugeren mulighed for at rulle over et kromosom og zoome ind på visse steder.Mange genombrowsere giver brugeren mulighed for at zoome ind på niveauet for at se den faktiske DNA -sekvens, selvom den reelle nytte af en browser er i evnen til at se gener i deres større kontekst, snarere end at se DNA -sekvensen på nukleotidniveauet.Den gennemsnitlige størrelse af et gen er 3.000 basepar, så når det zoomes ind på basisparniveauet, vil brugeren se mindre end et helt gen.Det største humane gen, dystrophin, er 2,4 millioner basepar lang.

Ud over at se skematiske repræsentationer af gener kan genombrowsere også vise andre nyttige oplysninger.Dette kan omfatte den del af genet, der oversættes til protein, kaldet mRNA og DNA -sekvenser, der har andre funktioner end kodning for protein.Genombrowseren kan også vise, hvilke segmenter af DNA, der blev anvendt i processen med sekventering af genomet.

Et stort antal organismer har sekventeret genomer.Der er ingen enkelt browser, der er standard inden for genomikområdet, så genombrowsere kan variere mellem sekventerede genomer.Genombrowsere har funktionen af at være i stand til at søge efter gener eller sekvenser af interesse, så brugeren kan hoppe fra et genomisk sted til et andet.Det ville ikke være effektivt at rulle hen over et kromosom for at komme til en placering af interesse på grund af den meget store størrelse af de fleste kromosomer.

Nogle genombrowsere har værktøjer, der kaldes gensorterere.Dette værktøj viser en tabel med gener, der er relateret til hinanden.Forholdet kan være en af flere typer: sekvenshomologi, lignende ekspressionsprofil eller genomisk nærhed.Brugeren søger efter et gen ved hjælp af et ord eller en sætning, vælger den type forhold, han eller hun gerne vil have, og genet viser resultaterne af søgningen.