Hvad er haglgeværsmetoden?
Haglgeværsmetoden bruges til at sekvensere lange tråde af en deoxyribonukleinsyre (DNA) molekyle.Det er afhængig af en anden metode til DNA -sekventering kaldet kæde termineringsmetoden.Med haglgevær -metoden sekvenser sekvenser dele af DNA -strengen og bruger resultaterne til at skabe en kontinuerlig sekvens.
Sekventering er processen med at finde atomsammensætningen af et molekyle og undersøge de kemiske bindinger, der forener de atomer.I DNA bruges sekventering til at finde den rækkefølge, i hvilken visse molekyler forekommer.Disse molekyler kaldes nukleotider.De fire nukleotidbaser er adenin, guanin, cytosin og thymin.
En måde at sekventeres på lange dnaer er ved at bruge haglgevær -metoden.I denne metode opdeles DNA i tilfældige fragmenter.De resulterende segmenter sekventeres derefter ved anvendelse af en metode kaldet kæde termineringsmetoden.Kædets terminering er den valgte metode til korte DNA -sekvenser.Det bruger få barske kemikalier og lavere mængder radioaktivitet end andre korte sekvensmetoder.
I kædets termineringsmetoden er en streng af DNA opdelt i fire sekventeringsreaktioner.Hver indeholder alle fire nukleotider og et enzym, der fungerer som en katalysator, kaldet en DNA -polymerase.Et dideoxynukleotid, som dybest set er et nukleotid, der mangler en del af dets sukkersekvens, tilsættes derefter til hver sekventeringsreaktion.Efter behandling af disse reaktioner er forskere i stand til at forestille dem og læse DNA -sekvensen.
Under haglgeværsmetoden til sekventering af DNA sker alt dette flere gange ved hjælp af forskellige tilfældige fragmenter af DNA.Dette resulterer i flere overlappende sektioner af sekventeret DNA.Et computerprogram bruger derefter de overlappende sektioner til at skabe en kontinuerlig DNA -sekvens.
Problemet med haglen er, at DNA er utroligt kompliceret.Ofte indeholder det gentagne sekvenser, der ser ens ud, men kommer fra forskellige dele af DNA'et.Det komplette sæt humant DNA, kaldet det humane genom, har mere end tre milliarder basepar.Den eneste måde at være sikker på, at placeringen af gentagne sekvenser er korrekt, er at foretage mere tilfældige aflæsninger, så hver del sekventeres flere gange.Alligevel forekommer der fejl.
Haglgeværetsmetoden til sekventering var forkant med DNA-sekventering indtil omkring 2005. Siden da har forskere oprettet næste generations sekventering, der fungerer meget hurtigere.Nøjagtigheden af individuelle aflæsninger er mindre end med haglgeværsekventering, men forskere kompenseres for dette ved at være i stand til at gennemføre flere læsninger på kortere tid.