Hvad er en genomdatabase?
Et genom er en samling af alt det genetiske materiale, der er til stede i en organisme.Da rækkefølgen og strukturen af dette genetiske materiale driver hele biologisk liv, er forskere meget interesseret i at finde ud af, hvad de er alt sammen for.En genomdatabase er en krydshenviseret indsamling af information om en eller flere organismer, så en videnskabsmand kan se på al den tilgængelige genetiske information for at hjælpe ham eller hende i forskning.
Genomer er meget komplekse og indeholder milliarder af baser i sekvensenaf information.Computeriserede databaser er derfor den eneste praktiske måde at organisere detaljerne på et sted.Generelt er disse tilgængelige som online databaser til videnskabelig forskning.Et relativt nyt videnskabsfelt, kaldet Bioinformatik, er sprunget op for at perfektionere den måde, biologiske data kan fortolkes gennem computersystemer.
Databaser af genomer indeholder sekvensen af generne i en organisme, hvis hele sekvensen er kendt.Ellers kan det indeholde delvise sekvenser.Human-, mus- og Drosophila -fluegenomerne er for eksempel blevet sekventeret.Når sekvensen af et genom er kendt, kan genetikere identificere bestemte gener i genomet.Hvert gen er instruktionsarket for et bestemt celleprodukt.
Hvis et gen har en mutation, har det en anden sekvens end det normale, funktionelle gen.Mutationer kan være gavnlige og producere en nyttig egenskab i den muterede organisme.De kan heller ikke gøre nogen forskel for produktet, eller de kan være skadelige for organismenes normale arbejde.Mange medicinske tilstande skyldes for eksempel mutationer i et bestemt gen.
Mutationer kan også bruges til at beregne, hvor tæt beslægtet en bestemt art er for en anden, da flere mutationer akkumuleres over tid.Enkeltpersoner kan også variere i genomsekvens, især da store dele af genomet ikke er gener og koder ikke for noget essentielt celleprodukt.En genomdatabase har en sekvens fra en organisme, der betegnes som en standard, men der vil være mange mindre forskelle mellem den vilkårligt valgte standard og de andre individer i en art.
På trods af tilstedeværelsen af mange forskelle kan gener genkendes gennem sekvenser.Hvis genetikere ved, hvad et bestemt gen gør i en organisme, udfører et gen med en lignende sekvens i et andet dyr sandsynligvis den samme funktion.Genetikere kan bruge en genomdatabase enten til at identificere et gen, som de studerer eller for at finde ud af, hvad genet gør.
Hver genomdatabase kan søges.Normalt kan forskere søge i en database på en af flere forskellige måder.Almindeligvis kan han eller hun indtaste sekvensen af et gen, han eller hun har sekventeret.Derefter finder databasen en eller flere lignende sekvenser til sammenligning.
En enklere måde at søge på databasen involverer at lede efter et gennøgleord, såsom genets navn.Myndigheder som U.S. National Authority for Biotechnology Information (NCBI) kan give sekvenser forskellige referencenumre, og en genetiker kan også søge i en genomdatabase ved hjælp af en af disse identifikatorer.Han eller hun kan også indsnævre resultaterne ved hjælp af flere søgeparametre.Krydshenviste oplysninger er et træk ved de fleste genomdatabaser, og et enkelt sekvensresultat vil også give databasebrugeren nyttige links til mere genetisk information.Ud over information om en bestemt sekvens giver mange databaser en visuel repræsentation af sekvensen og af de bemærkelsesværdige træk i dette område.
Forskellige organismer kan have specifikke genomdatabaser, men nogle større databaser indeholder mere end en art.Forskellige myndigheder kontrollerer de forskellige tilgængelige databaser, så databaserne kan alle bruge forskellige formater og søgefunktioner.Nogle eksempler på disse myndigheder inkluderer NCBI, European Bioinformatics Institute eller endda individuelle universiteter.