Hvad er genomforsamling?

Genomforsamling henviser til processen med at tage mange små stykker genetisk sekvens og fusionere dem sammen til en sammenhængende helhed, der repræsenterer et organismer hele genomet.Dette er et stort fokus inden for bioinformatikfeltet, og der findes en række genomprojekter til dette formål.Genomforsamling er blevet brugt til at begynde at analysere genomerne af mange arter, herunder mennesker, planter, dyr og bakterier.

Analyse af en organismergener er en lang proces, og genomforsamling er et af de første trin.Mange andre analysemetoder er bygget på en vellykket samling, og identifikation af gener kan ikke komme videre uden den.Selv før gener findes, kan en vellykket genomforsamling stadig generere en masse nyttige oplysninger til senere analyse, herunder størrelsen på genomet, dens struktur og dens generelle sammensætning.

Processen med genomforsamling er som at sætte et puslespil sammen sammenUden at have et billede eller nyttige former som guide.Når der konfronteres med de første genomstykker, kaldet Raw Reads, er der sjældent nogen indikationer, hvor et bestemt stykke går, eller endda hvordan det er orienteret.Hvert stykke kodes på lignende måde med de fire DNA -baser, forkortet A, C, G og T. genomet kunne komprimeres i et stort kromosom eller opdelt i mange.Der er heller ingen garanti for, at nogle af de rå læsninger ikke er duplikater af det samme genomområde, hvilket ville betyde, at der findes mindre unikke oplysninger, end den vises ved første øjekast.

Generel viden om genomstruktur er uvurderlig, når der starter monteringsprocessen.Selvom genomer mellem arter er markant forskellige, er der visse regler, som specifikke genomtyper følger, og disse kan anvendes, når de sætter et andet genom af den samme type sammen.For eksempel, hvis en bestemt type organisme altid har et bestemt mønster i nærheden, hvor gener findes, kunne man med rimelighed antage, når man samler en anden organisme, der ligner den, at det at finde et sådant mønster ville signalere et gen i nærheden.I større skala har mange bakteriegenomer et cirkulært kromosom, så det ville være rimeligt at forudse, at alle rålæsninger af en ny bakterie på en eller anden måde passer sammen på et kromosom.Anvendelse af generel genetisk viden på denne måde kan give en forsker mulighed for at begynde at give mening om potentielt hundreder af tusinder af data.

Der er mange andre metoder, der kan bruges i genommontering, herunder beregningsmæssige forudsigelser og manuelle sammenligninger.Uanset metoden er genomforsamling et stort job, som ofte er tidskrævende og vanskeligt.Da det er grundlaget for mange fremtidige genetiske analyser på en organisme, er der lidt plads til fejl.