Was ist ein Genombrowser?

Ein Genombrowser ist eine Webschnittstelle, mit der die physische Karte eines Chromosoms angezeigt wird.Diese Karte zeigt, wie viel DNA zwei Gene trennt, gemessen in Basenpaaren.Humane Chromosomen haben eine Größe von 50 Millionen und über 250 Millionen Basispaaren.Ein Genombrowser zeigt schematische Darstellungen ganzer Chromosomen sowie zoomtes in Schematik einzelner Gene und sogar der tatsächlichen Basispaarsequenz.

Ein Genombrowser ermöglicht es dem Benutzer, über ein Chromosom zu scrollen und an bestimmten Stellen zu zoomen.Viele Genombrowser ermöglichen es dem Benutzer, auf der Ebene der tatsächlichen DNA -Sequenz zu zoomen, obwohl die reale Nützlichkeit eines Browsers in der Fähigkeit besteht, Gene in ihrem größeren Kontext anzusehen, anstatt die DNA -Sequenz auf Nukleotidebene zu betrachten.Die durchschnittliche Größe eines Gens beträgt 3.000 Basispaare. Wenn der Benutzer auf der Ebene der Basispaar zoomt wird, sieht er weniger als ein ganzes Gen.Das größte menschliche Gen, Dystrophin, ist 2,4 Millionen Basispaare lang.

Zusätzlich zur Anzeige schematischer Repräsentationen von Genen können Genombrowser auch andere nützliche Informationen zeigen.Dies kann den Teil des Gens umfassen, der in Protein, als mRNA bezeichnet wird, und DNA -Sequenzen, die andere Funktionen als das kodierende Protein haben, übersetzt.Der Genombrowser kann auch zeigen, welche DNA -Segmente im Prozess der Sequenzierung des Genoms verwendet wurden.

Eine große Anzahl von Organismen hat sequenzierte Genome.Es gibt keinen einzelnen Browser, der standardmäßig auf dem Gebiet der Genomik ist, daher können Genombrowser zwischen sequenzierten Genomen variieren.Genombrowser haben die Funktion, nach Genen oder interessierenden Sequenzen zu suchen, sodass der Benutzer von einem genomischen Ort zum anderen springen kann.Es wäre nicht effizient, über ein Chromosom zu scrollen, um einen Standort von Interesse zu erreichen, da die meisten Chromosomen sehr groß sind.

Einige Genombrowser verfügen über Werkzeuge, die als Gensorter bezeichnet werden.Dieses Tool zeigt eine Tabelle mit Genen an, die miteinander verbunden sind.Die Beziehung kann einer von verschiedenen Typen sein: Sequenzhomologie, ähnliches Expressionsprofil oder genomische Nähe.Der Benutzer sucht nach einem Gen mit einem Wort oder einer Phrase nach einem Gen, wählt die Art der Beziehung aus, die er möchte, und der Gensortierer zeigt die Ergebnisse der Suche an.