Qu'est-ce qu'un navigateur de génome?
Un navigateur de génome est une interface Web utilisée pour afficher la carte physique d'un chromosome.Cette carte montre la quantité d'ADN sépare deux gènes, comme mesuré dans les paires de bases.Les chromosomes humains varient en taille de 50 millions à plus de 250 millions de paires de bases.Un navigateur de génome montre des représentations schématiques de chromosomes entiers ainsi que du zoom sur des schémas de gènes uniques et même de la séquence de paires de bases réelle.
Un navigateur de génome permet à l'utilisateur de faire défiler un chromosome et de zoomer à certains endroits.De nombreux navigateurs de génome permettent à l'utilisateur de zoomer au niveau de visualisation de la séquence d'ADN réelle, bien que l'utilité réelle d'un navigateur soit dans la capacité de visualiser les gènes dans leur contexte plus large, plutôt que de visualiser la séquence d'ADN au niveau des nucléotides.La taille moyenne d'un gène est de 3 000 paires de bases, donc lorsqu'elle est zoomée au niveau de la paire de bases, l'utilisateur verra moins d'un gène entier.Le plus grand gène humain, la dystrophine, mesure 2,4 millions de paires de bases.
En plus de visualiser les représentations schématiques des gènes, les navigateurs du génome peuvent également montrer d'autres informations utiles.Cela peut inclure la partie du gène qui se traduit en protéines, appelée ARNm, et les séquences d'ADN qui ont des fonctions autres que le codage pour les protéines.Le navigateur du génome peut également montrer quels segments d'ADN ont été utilisés dans le processus de séquençage du génome.
Un grand nombre d'organismes ont séquencé les génomes.Il n'y a pas de navigateur unique qui est standard dans le domaine de la génomique, de sorte que les navigateurs de génome peuvent varier entre les génomes séquencés.Les navigateurs du génome ont la fonction de pouvoir rechercher des gènes ou des séquences d'intérêt, permettant à l'utilisateur de passer d'un emplacement génomique à un autre.Il ne serait pas efficace de faire défiler un chromosome pour se rendre à un emplacement d'intérêt, en raison de la très grande taille de la plupart des chromosomes.
Certains navigateurs du génome ont des outils appelés trieurs de gènes.Cet outil affiche un tableau de gènes qui sont liés les uns aux autres.La relation peut être l'un des différents types: homologie de séquence, profil d'expression similaire ou proximité génomique.L'utilisateur recherche un gène à l'aide d'un mot ou d'une phrase, sélectionne le type de relation qu'il aimerait, et le trieur de gène affiche les résultats de la recherche.