Cos'è un browser del genoma?

Un browser del genoma è un'interfaccia web utilizzata per visualizzare la mappa fisica di un cromosoma.Questa mappa mostra la quantità di DNA separa due geni, misurati nelle coppie di basi.I cromosomi umani variano da 50 milioni a oltre 250 milioni di coppie di basi.Un browser del genoma mostra rappresentazioni schematiche di interi cromosomi e ingrandito negli schemi di singoli geni e persino nella sequenza di coppie di base effettiva.

Un browser del genoma consente all'utente di scorrere attraverso un cromosoma e ingrandire alcune posizioni.Molti browser del genoma consentono all'utente di ingrandire a livello di visualizzazione della sequenza di DNA effettiva, sebbene la vera utilità di un browser sia nella capacità di visualizzare i geni nel loro contesto più ampio, piuttosto che visualizzare la sequenza del DNA a livello di nucleotide.La dimensione media di un gene è di 3.000 coppie di basi, quindi quando ingrandito a livello di coppia di base, l'utente vedrà meno di un intero gene.Il più grande gene umano, distrofina, è lungo 2,4 milioni di coppie di basi.

Oltre alla visualizzazione delle rappresentazioni schematiche dei geni, i browser del genoma possono anche mostrare altre informazioni utili.Ciò può includere la porzione del gene che viene tradotto in proteina, chiamata mRNA e sequenze di DNA che hanno funzioni diverse dalla codifica per la proteina.Il browser del genoma può anche mostrare quali segmenti di DNA sono stati usati nel processo di sequenziamento del genoma.

Un gran numero di organismi ha sequenziato genomi.Non esiste un singolo browser standard per il campo della genomica, quindi i browser del genoma possono variare tra i genomi sequenziati.I browser del genoma hanno la funzione di essere in grado di cercare geni o sequenze di interesse, consentendo all'utente di saltare da una posizione genomica all'altra.Non sarebbe efficiente scorrere attraverso un cromosoma per arrivare a una posizione di interesse, a causa delle dimensioni molto grandi della maggior parte dei cromosomi.

Alcuni browser del genoma hanno strumenti chiamati sotter.Questo strumento visualizza una tabella di geni correlati tra loro.La relazione può essere uno dei vari tipi: omologia della sequenza, profilo di espressione simile o vicinanza genomica.L'utente cerca un gene usando una parola o una frase, seleziona il tipo di relazione che vorrebbe e il Sorter genico visualizza i risultati della ricerca.