Cos'è un contig?

Un contig, abbreviato per contiguo, si riferisce a un segmento di acido desoxyribonucleico (DNA) o al prodotto di segmenti sovrapposti che formano una sequenza di DNA continua, estesa, ininterrotta.Studiando le mappe di questi segmenti, è possibile scoprire l'ordine dei segmenti che comprendono varie sequenze e i contigs possono essere aggiunti, rimossi o riorganizzati per formare nuove sequenze.La mappatura del DNA contig e le librerie consentono ai ricercatori di identificare gli allineamenti che potrebbero causare malattie, fornire una migliore comprensione di come le cellule reagiscono in determinate condizioni e consentono la capacità di clonare caratteristiche favorevoli negli organismi viventi.

I contigs genomici sono collegati l'uno all'altrosovrapposizione di set taggati di sequenza di abbinamento o mediante abbinamento di tag di sequenza espressi.Comprendendo questo processo di blocco da costruzione utilizzato dalle basi dei segmenti di DNA, i contigs possono replicarsi o clonare in sequenze desiderabili, aggiungendo o eliminando segmenti meno favorevoli.I ricercatori considerano queste sequenze come mappe su programmi di DNA computerizzati altamente dettagliati.Il programma fornisce una rottura visiva delle basi utilizzate per costruire i segmenti e i segmenti utilizzati per costruire sequenze particolari.Utilizzando diversi schemi di colore, vari programmi contig mostrano queste informazioni come sequenze di bassa, media e alta qualità.

La mappatura contig fa spesso luce sulle cause dei disturbi genetici.La sindrome di Williams, ad esempio, produce sintomi multisistemici nei bambini, inclusi problemi cardiovascolari, livelli elevati di calcio nel sangue e incapacità di prosperare.I ricercatori hanno scoperto che le delezioni della banda che colpiscono alcuni geni, che possono essere causate da una sovrapposizione inappropriata di contig.Un altro disturbo genetico dell'infanzia, la sindrome da CRI-DU-Chat, produce anche più sintomi, ognuno dei quali gli scienziati ritengono correlati con le delezioni e il posizionamento anormale.

I ricercatori analizzano anche le sequenze di contig nelle specie vegetali.Ogni pianta contiene un sequenziamento unico per quella pianta e ottenendo mappe di singole specie vegetali, gli scienziati scoprono caratteristiche simili e diverse che possono contribuire alla salute o al deterioramento di un particolare tipo di pianta.Analizzando segmenti e sequenze di contig nelle malattie che trasportano organismi, i medici possono determinare i tratti che possono quindi essere utilizzati nello sviluppo del trattamento.La mappatura fornisce una visione visiva delle possibili manipolazioni genetiche attraverso eliminazioni di sequenza o clonazione.

Gli scienziati potrebbero coltivare campioni di DNA clonati in cromosoma artificiale batterico, cromosoma artificiale di lievito o in media cromosoma artificiale P1 o fagi.Questi cromosomi contengono ovunque da 50 a centinaia di migliaia di basi, che compilano segmenti di contig.Dopo un periodo di colonizzazione, i campioni vengono estratti usando una siringa e collocati in gel di sequenziamento del DNA, che subisce elettroforesi e asciugatura.Un autoradiografo legge il campione e le impronte digitali le sequenze.I ricercatori quindi scansionano l'impronta digitale in un file di immagine, che può successivamente essere caricato in un programma contig.