Wat is een genoombrowser?

Een genoombrowser is een webinterface die wordt gebruikt om de fysieke kaart van een chromosoom te bekijken.Deze kaart laat zien hoeveel DNA twee genen scheidt, zoals gemeten in basenparen.Menselijke chromosomen variëren in grootte van 50 miljoen tot meer dan 250 miljoen basenparen.Een genoombrowser toont schematische representaties van volledige chromosomen en zoomt in schema's van enkele genen en zelfs de werkelijke basispaarsequentie.

Een genoombrowser stelt de gebruiker in staat om over een chromosoom te scrollen en op bepaalde locaties in te zoomen.Veel genoombrowsers stellen de gebruiker in staat om in te zoomen op het niveau van het bekijken van de werkelijke DNA -sequentie, hoewel het reële nut van een browser in staat is om genen in hun grotere context te bekijken, in plaats van de DNA -sequentie op het nucleotidegehalte te bekijken.De gemiddelde grootte van een gen is 3000 basenparen, dus wanneer ingezoomd op het basenpaarniveau, ziet de gebruiker minder dan een volledig gen.Het grootste menselijke gen, dystrofine, is 2,4 miljoen basenparen lang.

Naast het bekijken van schematische representaties van genen, kunnen genoombrowsers ook andere nuttige informatie vertonen.Dit kan het deel van het gen omvatten dat wordt vertaald in eiwit, het mRNA genoemd en DNA -sequenties die andere functies hebben dan codering voor eiwit.De genoombrowser kan ook aantonen welke DNA -segmenten werden gebruikt bij het sequencingproces van het genoom.

Een groot aantal organismen heeft gesequentieerde genomen.Er is geen enkele browser die standaard is voor het gebied van genomics, zodat genoombrowsers kunnen variëren tussen genomen genomen.Genoombrowsers hebben de functie om te kunnen zoeken naar genen of sequenties van interesse, waardoor de gebruiker van de ene genomische locatie naar de andere kan springen.Het zou niet efficiënt zijn om over een chromosoom te scrollen om op een locatie van interesse te komen, vanwege de zeer grote omvang van de meeste chromosomen. Sommige genoombrowsers hebben tools genaamd gensorders.Deze tool toont een tabel met genen die aan elkaar gerelateerd zijn.De relatie kan een van verschillende typen zijn: sequentiehomologie, soortgelijk expressieprofiel of genomische nabijheid.De gebruiker zoekt naar een gen met een woord of zin, selecteert het type relatie dat hij of zij zou willen, en de gensorter geeft de resultaten van de zoekopdracht weer.