Wat is genexpressionprofilering?
Profilering van genexpressie is een manier om de activiteitsniveaus van duizenden genen tegelijkertijd te meten.Het identificeren van genexpressiepatronen in een organisme is de volgende stap nadat het genoom van een organisme is gesequenced.Genexpressieprofileringsexperimenten worden meestal uitgevoerd op het hele genoom van een organisme tegelijk.Het meten van genexpressieniveaus in een organisme biedt een beeld van hoe de cellen van het organisme tijdens de celcyclus functioneren, of in reactie op specifieke stimuli.
De genen van een organisme kunnen in een van de twee staten zijn: ingeschakeld of uitgeschakeld.Wanneer een gen wordt ingeschakeld, wordt het getranscribeerd in messenger -RNA, dat de instructies biedt voor het maken van het eiwit dat door het gen wordt gecodeerd.Wanneer genen worden ingeschakeld, wordt gezegd dat ze worden uitgedrukt.Wanneer een gen wordt uitgeschakeld, wordt het niet getranscribeerd in mRNA en wordt het niet tot expressie gebracht.
Het DNA van zelfs een eencellig organisme bevat duizenden genen, maar slechts een fractie van die genen worden op elk moment ingeschakeld.Het patroon van genexpressie in een cel op een bepaald tijdstip wordt zijn genprofiel genoemd.Kijkend naar de soorten genen die in een cel zijn ingeschakeld, kunnen grote hoeveelheden belangrijke informatie over cellen en organismen bieden.
In een genexpressieprofileringsexperiment wordt DNA -microarray -technologie gebruikt om een meting van relatieve activiteit van eerder gesequenced genen te verkrijgen.Deze experimenten omvatten meestal het meten van hoeveelheden mRNA in een controle -setting en in een experimentele setting, om de effecten van een of meer variabelen op genexpressie te bepalen.Het gebruik van een controle is belangrijk omdat het basislijn -mRNA -niveaus vaststelt voor normale cellulaire omstandigheden.
Kijkend naar hoe mRNA -niveaus veranderen in reactie op stimuli laat zien hoe cellulaire behoeften voor eiwitten veranderen in reactie op nieuwe omgevingscondities.Deze informatie is nuttig voor pure onderzoeksdoeleinden, maar kan ook belangrijk zijn in de geneeskunde.Als borstkankercellen bijvoorbeeld worden gebruikt in DNA -microanalyse, kan een profiel aantonen dat in kankercellen een bepaald type receptor actief is, dat normaal gesproken inactief is.Als de receptor kankerspecifiek is aangetoond, kan deze een effectief doelwit zijn.
Profilering van genexpressie is in feite gebruikt als een prognostische maat voor borstkanker.Dit is nuttig omdat vrouwen in hetzelfde stadium van ziekten heel anders kunnen reageren op de behandeling en zeer verschillende prognoses hebben.Het gebruik van DNA -microanalyse om genexpressieprofielen op te bouwen, heeft in ten minste één onderzoek aangetoond dat een bepaald genexpressieprofiel in borstkankercellen correleert met een slechte prognose.Deze toepassing van genexpressieprofileringstechnologie helpt bij het identificeren van vrouwen die kunnen profiteren van een agressievere behandeling.