Wat is een genoomdatabase?

Een genoom is een verzameling van al het genetische materiaal dat in één organisme aanwezig is.Aangezien de volgorde en structuur van dit genetische materiaal het hele biologische leven drijft, zijn wetenschappers erg geïnteresseerd in het ontdekken waar ze allemaal voor zijn.Een genoomdatabase is een kruisverwijzing verzameling van informatie over een of meer organismen, zodat een wetenschapper alle beschikbare genetische informatie kan bekijken om hem of haar te helpen in onderzoek.

Genomen zijn zeer complex en bevatten miljarden bases in de sequentie in de sequentievan informatie.Geautomatiseerde databases zijn daarom de enige praktische manier om de details op één plek te organiseren.Over het algemeen zijn deze beschikbaar als online databases voor wetenschappelijk onderzoek.Een relatief nieuw wetenschapsveld, bioinformatica genoemd, is ontstaan om de manier te perfectioneren waarop biologische gegevens kunnen worden geïnterpreteerd door computersystemen.

Databases van genomen bevatten de sequentie van de genen van een organisme als de hele sequentie bekend is.Anders kan het gedeeltelijke sequenties bevatten.De menselijke, muis en Drosophila vlieggenomen zijn bijvoorbeeld gesequenced.Wanneer de sequentie van een genoom bekend is, kunnen genetici bepaalde genen in het genoom identificeren.Elk gen is het instructieblad voor één bepaald celproduct.

Als een gen een mutatie heeft, heeft het een andere sequentie dan het normale, functionele gen.Mutaties kunnen gunstig zijn en een nuttig kenmerk produceren in het gemuteerde organisme.Ze kunnen ook geen verschil maken voor het product, of ze kunnen schadelijk zijn voor de normale werking van het organisme.Veel medische aandoeningen zijn bijvoorbeeld te wijten aan mutaties in een bepaald gen.

Mutaties kunnen ook worden gebruikt om te berekenen hoe nauw verwant een bepaalde soort is met een ander, naarmate meer mutaties zich in de loop van de tijd ophopen.Individuen kunnen ook variëren in genoomsequentie, vooral omdat grote delen van het genoom geen genen zijn en niet coderen voor een essentieel celproduct.Een genoomdatabase bevat een volgorde van een organisme dat als standaard wordt aangeduid, maar er zullen veel kleine verschillen zijn tussen de willekeurig gekozen standaard en de andere individuen in een soort.

Ondanks de aanwezigheid van veel verschillen, zijn genen herkenbaar door sequenties.Als genetici weten wat een bepaald gen doet in het ene organisme, dan vervult een gen met een vergelijkbare sequentie in een ander dier waarschijnlijk dezelfde functie.Genetici kunnen een genoomdatabase gebruiken om een gen te identificeren dat ze bestuderen of om erachter te komen wat het gen doet.

Elke genoomdatabase is doorzoekbaar.Meestal kunnen wetenschappers op verschillende manieren op een database zoeken.Gewoonlijk kan hij of zij de volgorde van een gen invoeren dat hij of zij heeft gesequenced.Vervolgens vindt de database een of meer vergelijkbare sequenties ter vergelijking.

Een eenvoudigere manier van zoeken naar de database omvat het zoeken naar een gen -sleutelwoord, zoals de naam van het gen.Autoriteiten zoals de Amerikaanse nationale autoriteit voor biotechnologie -informatie (NCBI) kunnen sequenties verschillende referentienummers geven, en een geneticus kan ook een genoomdatabase doorzoeken met behulp van een van deze identificatiegegevens.Hij of zij kan ook de resultaten beperken met behulp van meer zoekparameters.Kruisverwijzingsinformatie is een functie van de meeste genoomdatabases, en een enkel sequentieresultaat zal de databasegebruiker ook voorzien van nuttige links voor meer genetische informatie.Naast informatie over een specifieke reeks bieden veel databases een visuele weergave van de volgorde en van de opmerkelijke kenmerken van dat gebied.

Verschillende organismen kunnen specifieke genoomdatabases hebben, maar sommige grotere databases bevatten meer dan één soort.Verschillende autoriteiten regelen de verschillende beschikbare databases, zodat de databases allemaal verschillende formaten en zoekmogelijkheden kunnen gebruiken.Enkele voorbeelden van deze autoriteiten zijn het NCBI, het European Bioinformatics Institute of zelfs individuele universiteiten.