Wat is genoomassemblage?

Genoomassemblage verwijst naar het proces van het nemen van vele kleine stukjes genetische sequenties en ze samenvoegen tot een coherent geheel dat een hele genoom van een organismen vertegenwoordigt.Dit is een belangrijke focus van het bioinformatica -veld en er bestaan voor dit doel een verscheidenheid aan genoomprojecten.Genoomassemblage is gebruikt om te beginnen met het analyseren van de genomen van veel soorten, waaronder mensen, planten, dieren en bacteriën.

Analysatie van een organismengenen is een lang proces en genoomassemblage is een van de eerste stappen.Veel andere analysemethoden zijn gebaseerd op succesvolle assemblage en identificatie van genen kan niet vooruitgaan zonder.Zelfs voordat genen worden gevonden, kan een succesvolle genoomassemblage nog steeds veel nuttige informatie genereren voor latere analyse, inclusief de grootte van het genoom, de structuur ervan en de algemene samenstelling ervan.

Het proces van genoomassemblage is als een puzzel in elkaar zettenzonder een foto of nuttige vormen als gids te hebben.Wanneer ze worden geconfronteerd met de eerste genoomstukken, Raw Reads genoemd, zijn er zelden aanwijzingen waar een bepaald stuk naartoe gaat, of zelfs hoe het is georiënteerd.Elk stuk wordt op dezelfde manier gecodeerd met de vier DNA -basen, afgekort A, C, G en T. Het genoom kan worden verdicht in één groot chromosoom of in velen worden opgesplitst.Hoewel genomen tussen soorten aanzienlijk verschillend zijn, zijn er bepaalde regels die specifieke genoomtypen volgen, en deze kunnen worden toegepast bij het samenbrengen van een ander genoom van hetzelfde type.Als een bepaald type organisme bijvoorbeeld altijd een bepaald patroon in de buurt heeft waar genen worden gevonden, zou men redelijkerwijs kunnen aannemen, bij het samenstellen van een ander organisme, dat het vinden van een dergelijk patroon een gen in de buurt zou signaleren.Op grotere schaal hebben veel bacteriële genomen één cirkelvormig chromosoom, dus het zou redelijk zijn om te anticiperen dat alle ruwe lezingen van een nieuwe bacteriën op de een of andere manier in elkaar zouden passen op één chromosoom.Door algemene genetische kennis op deze manier toe te passen kan een onderzoeker in staat stellen om potentieel honderdduizenden gegevens te begrijpen.

Er zijn veel andere methoden die kunnen worden gebruikt in genoomassemblage, waaronder computationele voorspellingen en handmatige vergelijkingen.Ongeacht de methode, genoomassemblage is een grote taak die vaak tijdrovend en moeilijk is.Omdat het de basis is voor veel toekomstige genetische analyses op een organisme, is er weinig ruimte voor fouten.