Hva er en nettleser?

En nettleser er et nettgrensesnitt som brukes til å se det fysiske kartet over et kromosom.Dette kartet viser hvor mye DNA som skiller to gener, målt i basepar.Menneskelige kromosomer varierer i størrelse fra 50 millioner til over 250 millioner basepar.En genomleser viser skjematiske fremstillinger av hele kromosomer samt zoomet i skjemaer av enkeltgener og til og med den faktiske basepar -sekvensen.

En genomleser lar brukeren bla over et kromosom og zoome inn på visse steder.Mange genomlesere lar brukeren zoome inn på nivået av å se den faktiske DNA -sekvensen, selv om den virkelige nytten av en nettleser er i muligheten til å se gener i deres større sammenheng, i stedet for å se DNA -sekvensen på nukleotidnivået.Den gjennomsnittlige størrelsen på et gen er 3000 basepar, så når du er zoomet inn på baseparnivå, vil brukeren se mindre enn et helt gen.Det største humane genet, dystrofin, er 2,4 millioner basepar langt.

I tillegg til å se skjematiske representasjoner av gener, kan genomlesere også vise annen nyttig informasjon.Dette kan inkludere den delen av genet som blir oversatt til protein, kalt mRNA og DNA -sekvenser som har andre funksjoner enn koding for protein.Genomleseren kan også vise hvilke segmenter av DNA som ble brukt i prosessen med å sekvensere genomet.

Et stort antall organismer har sekvensert genomer.Det er ingen enkelt nettleser som er standard for genomikkfeltet, slik at genomlesere kan variere mellom sekvenserte genomer.Genomsere har funksjonen som å kunne søke etter gener eller sekvenser av interesse, slik at brukeren kan hoppe fra et genomisk sted til et annet.Det ville ikke være effektivt å bla over et kromosom for å komme til et sted av interesse, på grunn av den veldig store størrelsen på de fleste kromosomer.

Noen genomlesere har verktøy som kalles gensorterere.Dette verktøyet viser en tabell over gener som er relatert til hverandre.Forholdet kan være en av flere typer: sekvenshomologi, lignende ekspresjonsprofil eller genomisk nærhet.Brukeren søker etter et gen ved hjelp av et ord eller en setning, velger typen forhold han eller hun vil ha, og genet som viser resultatene av søket.