Hva er bisulfittsekvensering?

Bisulfittsekvensering er en metode der forskjellige regioner av DNA analyseres ved bruk av metylering.Metylering er prosessen med å tilsette et spesifikt molekyl, kalt en metylgruppe, til et nukleotid, i dette tilfellet vanligvis et cytosin.Inaktive nukleotider er ofte metylert, så denne metoden kan brukes til en rekke formål, fra å bestemme aktive regioner av et genom til å identifisere genrike regioner.I bisulfittsekvensering påvirkes ikke metylert cytosiner av sekvenseringsprosessen, mens ikke-metylerte cytosiner blir omdannet til uracil, et nukleotid som vanligvis ikke finnes i det genetiske materialet, er deoksyribonukleinsyre (DNA.)

Denne metoden er veldig følsom for endringer iMetylering, så små endringer i binding kan gi forskere spesifikk informasjon om bestemte nukleotider.Natriumbisulfitt konverterer cytosin til uracil, men konverteringen skjer i et miljø der metylert cytosin ikke vil gjennomgå denne endringen.Når bisulfittsekvensering er fullført, er det originale DNA blitt omgjort til et betydelig annet molekyl.Cytosiner vil være sterkt utarmet eller potensielt fraværende.Den viktigste ulempen er at den krever en veldig høy saltkonsentrasjon for å fungere ordentlig.Saltet oppmuntrer til annealing av enkeltstrenget DNA til sin mer naturlige doble helix, og natriumbisulfitten kan ikke alltid nå cytosiner når de er en del av dobbeltstrenget DNA.Hvis saltkonsentrasjonen er for høy, kan det hende at et antall cytosiner ikke blir omdannet til uracil, noe som resulterer i falsk identifisering av metylerte cytosiner i et genom.Denatureringsmidler kan være nødvendig for å minimere antall falske positive identifikasjoner.

Store mengder genomiske data er ikke nødvendige for bisulfittsekvensering, så metoden har en nyttig applikasjonsanalyse av kliniske prøver.Den opprinnelige nukleinsyrekilden spiller ingen rolle, men kilden må være DNA.I teorien kan ribonukleinsyre (RNA) bli sekvensert ved bruk av denne metoden, siden mest RNA er enkeltstrenget og ikke ville være like utsatt for falske positiver på grunn av blokkerte nukleotider.Når du blir utført, er imidlertid ikke bisulfittsekvensering nyttig for RNA, fordi RNA naturlig har uracil i seg.Uten en slags ekstern merking eller tillegg til protokollen, ville konverterte cytosiner ikke kunne skilles fra naturlig uracil.

Når du foretar enhver type sekvenseringsmetodikk, er nøyaktighet og presisjon essensiell.Sensitive metoder som bisulfittsekvensering gir et pålitelig middel for sekvensanalyse, som igjen gir mulighet for genanalyse og identifisering av mål for medisiner og terapier.Selv om denne metoden ikke kan brukes på levende mennesker, kan den fremdeles være til stor hjelp med bare de minste av vevsprøver å jobbe med.