Når en person spiser mat, må kroppen konvertere maten til molekylkjeder som kan konverteres til energi og rå næringsstoffer. Det menneskelige fordøyelsessystemet styrer fordelingen av næringsstoffer og energi i kroppen ved å utsette maten for kjemiske reaksjoner når den reiser gjennom fordøyelseskanalen. Strukturen i fordøyelsessystemet, også kjent som fordøyelseskanalen, gjør at de forskjellige organene i rekkefølge kan bryte ned og bearbeide mat. Bortsett fra munnen og spiserøret, er det tre hovedorganer i fordøyelsessystemet, så vel som mange mindre organer. Prosessen med fordøyelsen starter i munnen, med spytt fuktig og nedbryting av mat til håndterbare biter.
Magesekken er den første delen av strukturen i fordøyelsessystemet, som består av en muskuløs hul sekk som ligger rett under mellomgulvet og ribbene. Den skilles fra spiserøret og tynntarmen av henholdsvis spiserørsfinkteren og pylorusfinkteren. Strukturen i fordøyelsessystemet krever at mat brytes ned før den passerer inn i resten av fordøyelseskanalen; en film med slim dekker slimhinnen i magen for å beskytte murens vegger mot saltsyre som bryter maten ned. Mat blir liggende i magen til den gjennomgår fysisk fordøyelse for å gjøre den mer egnet for næringsuttak i tynntarmen.
Etter at mat er brutt ned i magen, passerer den inn i tynntarmen umiddelbart nedenfor i strukturen i fordøyelsessystemet; tynntarmen er gjennomsnittlig 20 meter lang for voksne. Tynntarmen gjør mesteparten av arbeidet med kjemisk fordøyelse via enzymer som skilles ut i bukspyttkjertelen. Proteiner brytes ned til aminosyrer, fett brytes ned til glyserol, og karbohydrater brytes ned til glukose og andre sukkerarter. Den indre veggen i tynntarmen inneholder fingerlignende folder av vev som kalles villi, som fanger matmolekyler og fører dem inn i ytre kapillærer og deretter til større blodkar.
Tynntarmen kobles til tykktarmen. Tykktarmen er den siste hoveddelen av strukturen i fordøyelsessystemet, og er ansvarlig for å absorbere overflødig vann, omdanne det faste avfallet til avføring og utskille det. Bakterier som bor i tynntarmen, kjent som tarmflora, absorberer det faste materialet som er igjen etter at alle næringsstoffer og energi er blitt utvunnet fra mat og drikke. Som regel tar fast avfall en dag å reise gjennom tykktarmen.
