I genetikk, hva er hagle -metoden?

Haglover -metoden brukes til å sekvensere lange strenger av et deoksyribonukleinsyre (DNA) molekyl.Den er avhengig av en annen metode for DNA -sekvensering kalt kjedeavslutningsmetoden.Med haglegeværmetoden sekvenserer forskernes deler av DNA -strengen og bruker resultatene til å lage en kontinuerlig sekvens.

Sekvensering er prosessen med å finne atomsammensetningen til et molekyl og undersøke de kjemiske bindingene som forener disse atomene.I DNA brukes sekvensering for å finne rekkefølgen visse molekyler oppstår.Disse molekylene kalles nukleotider.De fire nukleotidbasene er adenin, guanin, cytosin og tymin.

En måte å sekvensere lange DNA -strenger er ved å bruke haglegeværmetoden.I denne metoden brytes DNA opp i tilfeldige fragmenter.De resulterende segmentene blir deretter sekvensert ved hjelp av en metode som kalles kjedeavslutningsmetoden.Kjedeavslutning er den valgte metoden for korte DNA -sekvenser.Den bruker få harde kjemikalier og lavere mengder radioaktivitet enn andre korte sekvensmetoder.

I kjeden termineringsmetoden er en streng av DNA delt inn i fire sekvenseringsreaksjoner.Hver inneholder alle fire nukleotider og et enzym som fungerer som en katalysator, kalt en DNA -polymerase.Et dideoksynukleotid, som i utgangspunktet er et nukleotid som mangler en del av sukkersekvensen, blir deretter tilsatt til hver sekvenseringsreaksjon.Etter å ha behandlet disse reaksjonene, er forskere i stand til å avbilde dem og lese DNA -sekvensen.

Under hagle -metoden for sekvensering av DNA skjer alt dette flere ganger ved bruk av forskjellige tilfeldige fragmenter av DNA.Dette resulterer i flere overlappende seksjoner av sekvensert DNA.Et dataprogram bruker deretter de overlappende seksjonene for å lage en kontinuerlig DNA -sekvens.

Problemet med hagle -metoden er at DNA er utrolig sammensatt.Ofte inneholder den repetitive sekvenser som ser like ut, men som kommer fra forskjellige deler av DNA.Det komplette settet med menneskelig DNA, kalt det menneskelige genomet, har mer enn tre milliarder basepar.Den eneste måten å være sikker på at plasseringen av repeterende sekvenser er riktig er å gjøre mer tilfeldige avlesninger slik at hver del blir sekvensert flere ganger.Likevel oppstår feil.

Hagelgruppemetoden for sekvensering var banebrytende DNA-sekvensering til omtrent 2005. Siden den gang har forskere laget neste generasjons sekvensering, noe som fungerer mye raskere.Nøyaktigheten av individuelle avlesninger er mindre enn med hagle -sekvensering, men forskere blir kompensert for dette ved å kunne gjøre mer avlesninger på kortere tid.