Hva er en genomdatabase?

Et genom er en samling av alt det genetiske materialet som er til stede i en organisme.Ettersom sekvensen og strukturen til dette genetiske materialet driver hele det biologiske livet, er forskere veldig interessert i å finne ut hva de er alt for.En genomdatabase er en krysshenvist samling av informasjon om en eller flere organismer, slik at en forsker kan se på all tilgjengelig genetisk informasjon for å hjelpe ham eller henne i forskning.

Genomer er svært kompliserte og inneholder milliarder av baser i sekvensenav informasjon.Datastyrte databaser er derfor den eneste praktiske måten å organisere detaljene på ett sted.Generelt er disse tilgjengelige som online databaser for vitenskapelig forskning.Et relativt nytt vitenskapsfelt, kalt bioinformatikk, har dukket opp for å perfeksjonere måten biologiske data kan tolkes gjennom datasystemer.

Databaser av genom inneholder sekvensen til genene til en organisme hvis hele sekvensen er kjent.Ellers kan den inneholde delvis sekvenser.De menneskelige, musene og Drosophila fluegenomene er for eksempel blitt sekvensert.Når sekvensen til et genom er kjent, kan genetikere identifisere spesielle gener i genomet.Hvert gen er instruksjonsarket for ett bestemt celleprodukt.

Hvis et gen har en mutasjon, har det en annen sekvens til det normale, funksjonelle genet.Mutasjoner kan være gunstige og gi et nyttig kjennetegn i den muterte organismen.De kan heller ikke gjøre noen forskjell for produktet, eller de kan være skadelige for organismenes normale virkning.Mange medisinske tilstander skyldes for eksempel mutasjoner i et bestemt gen.

Mutasjoner kan også brukes til å beregne hvor nært beslektet en bestemt art er for en annen, ettersom flere mutasjoner samler seg over tid.Enkeltpersoner kan også variere i genomsekvens, spesielt ettersom store deler av genomet ikke er gener og ikke koder for noe viktig celleprodukt.En genomdatabase har en sekvens fra en organisme som er utpekt som en standard, men det vil være mange mindre forskjeller mellom den vilkårlige valgte standarden og de andre individene i en art.

Til tross for tilstedeværelsen av mange forskjeller, er gener gjenkjennelige gjennom sekvenser.Hvis genetikere vet hva et bestemt gen gjør i en organisme, utfører et gen med en lignende sekvens i et annet dyr sannsynligvis den samme funksjonen.Genetikere kan bruke en genomdatabase enten for å identifisere et gen som de studerer eller for å finne ut hva genet gjør.

Hver genomdatabase er søkbar.Vanligvis kan forskere søke i en database på en av flere forskjellige måter.Vanligvis kan han eller hun legge inn sekvensen til et gen han eller hun har sekvensert.Deretter finner databasen en eller flere lignende sekvenser for sammenligning.

En enklere måte å søke i databasen innebærer å lete etter et gennøkkelord, for eksempel navnet på genet.Myndighetene som U.S. National Authority for Biotechnology Information (NCBI) kan gi sekvenser distinkte referansetall, og en genetiker kan også søke i en genomdatabase ved bruk av en av disse identifikatorene.Han eller hun kan også begrense resultatene ved å bruke flere søkeparametere.Tverrhenvist informasjon er en funksjon i de fleste genomdatabaser, og et enkelt sekvensresultat vil også gi databasebrukeren nyttige lenker for mer genetisk informasjon.I tillegg til informasjon om en spesifikk sekvens, gir mange databaser en visuell representasjon av sekvensen og av de bemerkelsesverdige funksjonene i det området.

Ulike organismer kan ha spesifikke genomdatabaser, men noen større databaser inneholder mer enn en art.Ulike myndigheter kontrollerer de forskjellige tilgjengelige databasene, slik at databasene alle kan bruke distinkte formater og søkefunksjoner.Noen eksempler på disse myndighetene inkluderer NCBI, European Bioinformatics Institute eller til og med individuelle universiteter.