Hva er en nordlig blot?

Northern blot hybridisering er en teknikk som brukes til å oppdage messenger RNA (mRNA) nivåer i en prøve, og for å kvantifisere mengden mRNA som er til stede.Selv om andre kraftigere teknikker eksisterer, er Northern blot fortsatt standarden på grunn av sin enkelhet og brukervennlighet.Den nordlige blottingteknikken muliggjør også direkte sammenligning av flere prøver i et enkelt eksperiment.

Messenger RNA er en type nukleinsyre som produseres når et gen blir uttrykt.Et gen som er slått på og funksjonelt i en celle blir transkribert til mRNA.MRNA blir deretter transportert inn i cytoplasmaet til cellen, hvor den blir oversatt til et protein.Northern blot -analyse av en cellulær mRNA -prøve kan derfor gi nyttig informasjon om utvalget av proteiner cellen produserer.

I en nordlig blot blir mRNA ekstrahert fra celler og kjører gjennom en denaturerende agarosegelelektroforese, som tillater mRNA i prøvenå skilles i henhold til størrelse.Prøver av mRNA -molekyler i kjente størrelser kjøres samtidig for å gi en kontroll.Når elektroforesen er fullført, overføres prøvene og immobiliseres på en fast membran, vanligvis laget av et materiale som nylon.Prøvene blir deretter utsatt for radiomerkede sonder i flere timer før analyse.Under analysen kan mRNA som har hybridisert til en radiomerket sonde tydelig påvises ved bruk av røntgen.

Northern blotting -teknikken muliggjør observasjon av genuttrykksmønstre mellom forskjellige vevstyper.Messenger RNA ekstrahert fra celler fra forskjellige forskjellige vev og organtyper kan sammenlignes, og cellulære responser på stress, infeksjon og mange andre stimuli kan undersøkes.Ved å se på forskjeller i mRNA -ekspresjon under forskjellige forhold, kan en forsker bestemme hvilke typer proteiner en celle produserer som respons på visse stimuli.Dette kan gi ledetråder om funksjoner av ukjente proteiner, eller i tilfelle av kjente proteiner, informasjon om cellulære responser på de aktuelle stimuliene.

For eksempel kan en nordlig blot vise at uttrykket av et ukjent protein øker som respons på tilstedeværelsen av et spesifikt toksin.Det kan da teoretiseres at proteinet er involvert i å redusere toksisiteten, kanskje ved å transportere kjemikaliet ut av cellen eller konvertere det til en metabolitt.Hvis kjente proteiner er under undersøkelse, kan dokumentering av endringer i proteinuttrykk gi informasjon om selve responsen.Hvis ekspresjonen av en kjent molekylær transportør for eksempel ble økt, kan det bekreftes at den cellulære responsen på toksinet er å transportere toksinet ut av cellen.