Co to jest przeglądarka genomu?

Przeglądarka genomu to interfejs internetowy używany do przeglądania fizycznej mapy chromosomu.Ta mapa pokazuje, ile DNA oddziela dwa geny, mierzone w parach zasad.Ludzkie chromosomy wahają się od 50 milionów do ponad 250 milionów par zasad.Przeglądarka genomu pokazuje schematyczne przedstawienia całych chromosomów, a także powiększona w schematach pojedynczych genów, a nawet rzeczywistej sekwencji par zasad.

Przeglądarka genomu pozwala użytkownikowi przewijać chromosom i powiększać w niektórych lokalizacjach.Wiele przeglądarek genomu pozwala użytkownikowi powiększyć na poziomie oglądania rzeczywistej sekwencji DNA, chociaż prawdziwą użyteczność przeglądarki jest możliwość przeglądania genów w ich większym kontekście, zamiast oglądania sekwencji DNA na poziomie nukleotydowym.Średni rozmiar genu wynosi 3000 par zasad, więc po powiększeniu na poziomie par zasad użytkownik zobaczy mniej niż cały gen.Największy ludzki gen, dystrofina, ma 2,4 miliona par zasad.

Oprócz przeglądania schematycznych reprezentacji genów, przeglądarki genomu mogą również wykazywać inne przydatne informacje.Może to obejmować część genu, który jest tłumaczony na białko, zwane sekwencjami mRNA, oraz sekwencje DNA, które mają funkcje inne niż kodowanie białka.Przeglądarka genomu może również pokazywać, które segmenty DNA zastosowano w procesie sekwencjonowania genomu.

Duża liczba organizmów zsekwencjonuje genomy.Nie ma pojedynczej przeglądarki, która jest standardem w dziedzinie genomiki, więc przeglądarki genomu mogą różnić się między zsekwencjonowanymi genomami.Przeglądarki genomu mają funkcję możliwości wyszukiwania genów lub sekwencji zainteresowania, umożliwiając użytkownikowi skakanie z jednej lokalizacji genomowej do drugiej.Przewijanie chromosomu nie byłoby skuteczne, aby dostać się do interesującego miejsca, ze względu na bardzo duże rozmiary większości chromosomów.

Niektóre przeglądarki genomu mają narzędzia zwane sortami genów.To narzędzie wyświetla tabelę genów, które są ze sobą powiązane.Związek może być jednym z kilku typów: homologia sekwencji, podobny profil ekspresji lub bliskość genomowa.Użytkownik wyszukuje gen za pomocą słowa lub frazy, wybiera rodzaj relacji, którą chciałby, a sortowanie genów wyświetla wyniki wyszukiwania.