Co to jest Northern blot?

Hybrydyzacja Northern blot jest techniką stosowaną do wykrywania poziomów RNA (mRNA) komunikatora (mRNA) w próbce i do oceny ilościowej obecnej mRNA.Chociaż istnieją inne mocniejsze techniki, Northern blot pozostaje standardem ze względu na swoją prostotę i łatwość użycia.Technika Northern Blotting pozwala również na bezpośrednie porównanie wielu próbek w jednym eksperymencie.

RNA komunikatora jest rodzajem kwasu nukleinowego, który jest wytwarzany, gdy gen jest wyrażany.Gen, który jest włączony i funkcjonalny w komórce, jest transkrybowany do mRNA.MRNA jest następnie transportowany do cytoplazmy komórki, gdzie jest on tłumaczony na białko.Analiza Northern blot próbki komórkowej mRNA może zatem dostarczyć przydatne informacje na temat tablicy białek, które wytwarza komórka.

W Northern blot mRNA jest ekstrahowane z komórek i przepływa przez denaturującą elektroforezę żelu agarozową, co umożliwia mRNA w próbce próbkido oddzielania według wielkości.Próbki cząsteczek mRNA o znanych rozmiarach są uruchamiane jednocześnie w celu zapewnienia kontroli.Po zakończeniu elektroforezy próbki są przenoszone i unieruchomione na stałej membranie, zwykle wykonane z materiału takiego jak nylon.Próbki są następnie narażone na sondy z radioaktywnymi przez kilka godzin przed analizą.Podczas analizy mRNA, które hybrydyzowało z sondy z radioaktywowaną sondy, można wyraźnie wykryć za pomocą promieniowania rentgenowskiego.

Technika Porthern Blotting pozwala obserwować wzorce ekspresji genów między różnymi typami tkanek.Można porównać RNA komunikatora ekstrahowane z komórek różnych tkanek i typów narządów, a można zbadać odpowiedzi komórkowe na stres, infekcję i wiele innych bodźców.Patrząc na różnice w ekspresji mRNA w różnych warunkach, naukowiec może określić, jakie rodzaje białek wytwarzają komórka w odpowiedzi na niektóre bodźce.Może to dostarczyć wskazówek na temat funkcji nieznanych białek lub w przypadku znanych białek, informacji o odpowiedzi komórkowej na bodźce.

Na przykład Northern blot może wykazać, że ekspresja nieznanego białka wzrasta w odpowiedzi na obecność specyficznej toksyny.Można zatem teoretycznie, że białko bierze udział w zmniejszaniu toksyczności, być może poprzez transport substancji chemicznej z komórki lub przekształcenie go w metabolit.Jeśli badane są znane białka, dokumentowanie zmian w ekspresji białka może dostarczyć informacji o samej odpowiedzi.Jeśli na przykład wzrosła ekspresja znanego transportera molekularnego, można było potwierdzić, że odpowiedź komórkowa na toksynę polega na transportu toksyny z komórki.