Vad är en proximal promotor?
En proximal promotor är en region i deoxyribonukleinsyra (DNA) strax före början av en gen där proteiner och andra molekyler binds i beredning för att läsa den genen. Promotorregionen är avgörande för att de flesta gener ska läsas och transkriberas till protein, i både enkla prokaryota celler och de mer komplexa eukaryoterna. En mängd proteiner som kallas transkriptionsfaktorer binder till DNA i denna region, och de utför många uppgifter som förbereder sig för gentranskription. Det viktigaste av dessa funktioner är att bygga ett byggnadsställning av proteiner som håller DNA -öppna och transkriberar rätt gen samtidigt.
Den exakta platsen och strukturen för en proximal promotor varierar mellan gener och celltyper. Prokaryota celler, de utan kärna, har vanligtvis en typ av promotor medan eukaryota celler, de med en riktig kärna, har en annan. Promotorer ligger vanligtvis några nukleotider uppströms om, eller tidigare, genen som de kontrollerar. Nästan varje promotor innehåller en speciell sekvEnce av nukleotider som identifierar det som sådant. I allmänhet identifieras prokaryotiska promotorer av en grupp nukleotider som kallas Shine-Dalgarno-sekvensen, och eukaryota promotorer identifieras med en specifik genetisk sekvens som kallas Tata-rutan.
Trots dessa relativt enkla regler följer inte varje proximal promotor dem, vilket kan göra att identifiera dem, och generna de kontrollerar, något svåra. Avståndet mellan en promotor och dess gen är inte fixerad inom en art eller inom en enda organisme, så att bestämma var de sitter i relation till varandra är inte trivialt. Proximala promotorsekvenskompositioner är inte alltid identiska; De kan mycket i längd, sammansättning eller båda. Dessutom har markörsekvenserna för Shine-Dalgarno-rutan eller Tata-rutan en viss variation i dem. Hur de olika transkriptionsfaktorerna känner igen promotorer inför denna inneboende variation ärInte lätt att bestämma, och nya exempel verkar ofta ifrågasätta dessa tidigare robusta lösningar.
När en gen är mycket nära en annan gen, finns möjligheten att dess proximala promotor kan påverkas av verkan av den närliggande genen. Ibland görs detta avsiktligt i genomet, kanske för att stimulera flera gener på en gång eller reglera deras verkan samtidigt. Vid andra tillfällen görs en koppling mellan två gener genom en promotors aktivitet felaktigt. För att förhindra detta tvärtal mellan gener där det inte är motiverat har vissa genom isolatorregioner mellan dem. Denna extra region är inte alltid nödvändig, och vissa genom förhindrar tvärtal genom genpositionering på andra sätt, som att tvinga en gen att vara inaktiv medan en annan är aktiv.