Vad är en genomdatabas?

Ett genom är en samling av allt genetiskt material som finns i en organisme.Eftersom sekvensen och strukturen i detta genetiska material driver allt biologiskt liv, är forskare mycket intresserade av att ta reda på vad de är allt för.En genomdatabas är en korsreferenssamling av information om en eller flera organismer, så en forskare kan titta på all tillgänglig genetisk information för att hjälpa honom eller henne i forskning.

Genom är mycket komplexa och innehåller miljarder baser i sekvensenav information.Datoriserade databaser är därför det enda praktiska sättet att organisera detaljerna på ett ställe.I allmänhet är dessa tillgängliga som onlinedatabaser för vetenskaplig forskning.Ett relativt nytt vetenskapsområde, kallat Bioinformatik, har dykt upp till perfekt hur biologiska data kan tolkas genom datorsystem.

Databaser av genom innehåller sekvensen för generna för en organisme om hela sekvensen är känd.Annars kan den innehålla partiella sekvenser.De mänskliga, musen och drosophila fluga -genom har till exempel sekvenserats.När sekvensen av ett genom är känt kan genetiker identifiera särskilda gener i genomet.Varje gen är instruktionsarket för en viss cellprodukt.

Om en gen har en mutation har den en annan sekvens än den normala, funktionella genen.Mutationer kan vara fördelaktiga och producera en användbar egenskap i den muterade organismen.De kan inte heller göra någon skillnad i produkten, eller de kan vara skadliga för organisismens normala arbete.Många medicinska tillstånd beror till exempel på mutationer i en viss gen.

Mutationer kan också användas för att beräkna hur nära besläktade en viss art är för en annan, eftersom fler mutationer ackumuleras över tid.Individer kan också variera i genomsekvens, särskilt eftersom stora delar av genomet inte är gener och inte kodar för någon väsentlig cellprodukt.En genomdatabas har en sekvens från en organisme som betecknas som en standard, men det kommer att finnas många mindre skillnader mellan den godtyckligt valda standarden och de andra individerna i en art.

Trots närvaron av många skillnader är gener igenkännbara genom sekvenser.Om genetiker vet vad en viss gen gör i en organisme, utför en gen med en liknande sekvens i ett annat djur troligen samma funktion.Genetiker kan använda en genomdatabas antingen för att identifiera en gen som de studerar eller för att ta reda på vad genen gör.

Varje genomdatabas är sökbar.Vanligtvis kan forskare söka efter en databas på ett av flera olika sätt.Vanligtvis kan han eller hon mata in sekvensen för en gen som han eller hon har sekvenserat.Sedan hittar databasen en eller flera liknande sekvenser för jämförelse.

Ett enklare sätt att söka i databasen innebär att du letar efter ett gennyckelord, till exempel namnet på genen.Myndigheter som U.S. National Authority for Biotechnology Information (NCBI) kan ge sekvenser distinkta referensnummer, och en genetiker kan också söka i en genomdatabas med hjälp av en av dessa identifierare.Han eller hon kan också begränsa resultaten med fler sökparametrar.Korsreferensinformation är en funktion i de flesta genomdatabaser, och ett enda sekvensresultat kommer också att ge databasanvändaren med användbara länkar för mer genetisk information.Förutom information om en specifik sekvens ger många databaser en visuell representation av sekvensen och om de anmärkningsvärda funktionerna i det området.

Olika organismer kan ha specifika genomdatabaser, men vissa större databaser innehåller mer än en art.Olika myndigheter kontrollerar de olika tillgängliga databaserna, så att databaserna alla kan använda distinkta format och sökfunktioner.Några exempel på dessa myndigheter inkluderar NCBI, European Bioinformatics Institute eller till och med enskilda universitet.