Vad är genommontering?

Genommontering hänvisar till processen att ta många små bitar av genetisk sekvens och slå samman dem till en sammanhängande helhet som representerar ett organismer hela genomet.Detta är ett stort fokus inom bioinformatikområdet, och en mängd genomprojekt finns för detta ändamål.Genommontering har använts för att börja analysera genomerna av många arter, inklusive människor, växter, djur och bakterier.

Att analysera en organismergener är en lång process, och genommontering är ett av de första stegen.Många andra analysmetoder är byggda på framgångsrik montering, och identifiering av gener kan inte utvecklas utan den.Redan innan gener hittas kan en framgångsrik genomaggregat fortfarande generera mycket användbar information för senare analys, inklusive storleken på genomet, dess struktur och dess allmänna sammansättning.

Processen för genommontering är som att sätta ett pussel ihop pusselutan att ha en bild eller användbara former som en guide.När de konfronteras med de första genomstyckena, kallade Raw Reads, finns det sällan några indikationer på vart en viss bit går, eller till och med hur det är orienterat.Varje bit kodas på liknande sätt med de fyra DNA -baserna, förkortade A, C, G och T. Genomet kan komprimeras till en stor kromosom eller delas upp i många.Det finns inte heller någon garanti för att vissa av de råa läsningarna inte är duplikat i samma genomområde, vilket skulle innebära att mindre unik information finns än den verkar vid första anblicken.

Allmän kunskap om genomstruktur är ovärderlig när man startar monteringsprocessen.Även om genom mellan arter är markant olika, finns det vissa regler som specifika genomtyper följer, och dessa kan tillämpas när man sätter ett annat genom av samma typ.Till exempel, om en viss typ av organisme alltid har ett visst mönster i närheten där gener finns, kan man rimligen anta, när man monterar en annan organisme som liknar den, att att hitta ett sådant mönster skulle signalera en gen i närheten.I större skala har många bakteriegenom en cirkulär kromosom, så det skulle vara rimligt att förutse att alla råa läsningar av en ny bakterier på något sätt skulle passa ihop på en kromosom.Att tillämpa allmän genetisk kunskap på detta sätt kan göra det möjligt för en forskare att börja känna till potentiellt hundratusentals data.

Det finns många andra metoder som kan användas i genommontering, inklusive beräkningsförutsägelser och manuella jämförelser.Oavsett metod är genommontering ett stort jobb som ofta är tidskrävande och svårt.Eftersom det är grunden för många framtida genetiska analyser på en organisme finns det lite utrymme för fel.