ธุรกรรมอีคอมเมิร์ซสามารถจัดการได้หลายวิธี ตัวเลือกบางตัวเหมือนกันกับที่ใช้โดยร้านค้าปลีกทั่วไปและบางตัวเลือกนั้นไม่เหมือนกันกับการซื้อออนไลน์ วิธีการที่ผู้ค้าปลีกออนไลน์เลือกที่จะจัดการกับธุรกรรมนั้นขึ้นอยู่กับดุลยพินิจของเธอแม้ว่าความต้องการและความชอบของลูกค้าจะมีบทบาทสำคัญในตัวเลือกการทำธุรกรรม ตัวเลือกธุรกรรมอีคอมเมิร์ซที่เป็นที่นิยม ได้แก่ บัตรเครดิตบัตรเดบิตเช็คอิเล็กทรอนิกส์บัตรของขวัญบริการชำระเงินออนไลน์และแผนการชำระเงินที่เลื่อนออกไป บริษัท ออนไลน์บางแห่งยังคงยอมรับเช็คส่วนตัวและแคชเชียร์เช็ค แต่ตัวเลือกเหล่านี้จะลดน้อยลงเนื่องจากต้องเสียเวลาและเงินในการดำเนินการของผู้ค้าปลีกและพวกเขามีโอกาสเกิดความล้มเหลวมากกว่าตัวเลือกการชำระเงินอื่น ๆ
การที่ไม่มีบุคคลที่มีส่วนเกี่ยวข้องในธุรกรรมอีคอมเมิร์ซทำให้หลายคนกังวลเกี่ยวกับรูปแบบการค้านี้ ในยุคแรก ๆ ของอีคอมเมิร์ซเรื่องราวสยองขวัญเกิดขึ้นมากมายเกี่ยวกับหมายเลขบัตรเครดิตที่ถูกขโมยการขโมยข้อมูลส่วนบุคคลและการลักทรัพย์ทั้งหมดโดยผู้ค้าปลีกที่ไร้ยางอาย เนื่องจากยอดขายออนไลน์นั้นใหม่ตัวเลือกการรักษาความปลอดภัยมี จำกัด และความไว้วางใจที่คนตาบอดมักเป็นทางเลือกเดียวที่เสนอให้กับผู้บริโภคที่ยินดีซื้อจากเว็บไซต์
ชุมชนธุรกิจออนไลน์ในปัจจุบันมีธุรกรรมอีคอมเมิร์ซที่มีคุณสมบัติความปลอดภัยในตัวมากมาย หมายเลขบัตรเครดิตธนาคารถูกเข้ารหัสเพื่อป้องกันการโจรกรรมและข้อมูลส่วนบุคคลจะถูกจัดเก็บอย่างปลอดภัยผ่านเทคนิคที่คล้ายคลึงกัน บริษัท จำนวนมากให้การรักษาความปลอดภัยของบุคคลที่สามกับเว็บไซต์ค้าปลีกและรับประกันการคืนเงินให้กับผู้ค้าปลีกและผู้บริโภคหากระบบของพวกเขาล้มเหลว
นอกเหนือจากการรับบัตรเครดิตและบัตรเดบิตหลักแล้วเว็บไซต์การค้าทางอินเทอร์เน็ตหลายแห่งยังมีตัวเลือกการทำธุรกรรมอื่น ๆ ให้กับลูกค้า เช็คแบบอิเล็กทรอนิกส์ได้รับความนิยมในไซต์ธุรกิจอีคอมเมิร์ซบางแห่งถึงแม้ว่าจะต้องเสียค่าใช้จ่ายในการดำเนินการเพิ่มเติมสำหรับผู้ขายที่ต้องเสียค่าใช้จ่ายในการประมวลผลการขายบัตรเครดิตและบัตรเดบิต หากต้องการชำระเงินด้วยเช็คอิเล็กทรอนิกส์ผู้ขายจะสร้างเช็คทางกายภาพโดยใช้ข้อมูลธนาคารที่ได้รับจากผู้ซื้อและเช็คจะถูกนำฝากเข้าบัญชีธนาคารของผู้ขายเช่นเดียวกับการตรวจสอบที่เคาน์เตอร์ปกติ
การชำระเงินล่าช้าเป็นอีกตัวเลือกหนึ่งที่ผู้บริโภคต้องการ ตัวเลือกนี้ช่วยให้ผู้ซื้อได้รับบริการหรือผลิตภัณฑ์ก่อนชำระเงินโดยให้ข้อมูลบัญชีธนาคารหรือหมายเลขบัญชีบัตรเครดิตหรือบัตรเดบิตในการเรียกเก็บเงินในวันที่หรือวันที่ภายหลัง วิธีนี้มักจะเกี่ยวข้องกับค่าบริการที่จ่ายให้กับผู้ขายเมื่อมีการทำธุรกรรม
ไซต์อีคอมเมิร์ซบางแห่งขายบัตรของขวัญหรือบัตรของขวัญหรือเสนอรหัสคูปองส่วนลดแก่ผู้บริโภค ร้านค้าปลีกออนไลน์เหล่านี้ยอมรับวิธีการชำระเงินเหล่านี้สำหรับธุรกรรมอีคอมเมิร์ซ วิธีการชำระเงินเหล่านี้มีการประมวลผลเช่นเดียวกับการชำระเงินด้วยบัตรเครดิตหรือบัตรเดบิต
