โดยทั่วไปจะมีซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซสามประเภท ได้แก่ : โปรแกรมสำเร็จรูป, โปรแกรมที่กำหนดเองและโปรแกรมที่ บริษัท โฮสติ้งอีคอมเมิร์ซจัดทำ ตัวเลือกเหล่านี้สามารถแบ่งออกเป็นซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซที่เฉพาะเจาะจงมากขึ้น การใช้ฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์การเข้าถึงแอปพลิเคชันการบัญชีจากภายในซอฟต์แวร์และการมีหรือไม่มีตะกร้าช้อปปิ้งเป็นคุณลักษณะที่ระบุซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซประเภทต่าง ๆ
คำว่า "e-commerce" หมายถึงพาณิชย์อิเล็กทรอนิกส์หรือความสามารถในการขายและซื้อสินค้าและบริการโดยใช้เทคโนโลยีของอินเทอร์เน็ต ประเภทและขนาดของธุรกิจช่วยในการพิจารณาว่าจะต้องใช้ซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซประเภทใด ตัวอย่างเช่นเว็บไซต์เชิงพาณิชย์ที่ขายสินค้าเพียงไม่กี่รายการอาจไม่จำเป็นต้องใช้ซอฟต์แวร์ที่มีตะกร้าสินค้าหากลูกค้าหาซื้อได้ครั้งละหนึ่งรายการหรือบริการ บริษัท ขนาดใหญ่ที่เสนอผลิตภัณฑ์ที่แตกต่างกันอาจพบว่าจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องมีซอฟต์แวร์ที่มีตะกร้าสินค้า ลูกค้ามักต้องการซื้อหลายรายการหรือบริการด้วยธุรกรรมเดียว
การมีฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์นั้นมีความสำคัญมากเมื่อขายสินค้าและบริการจำนวนมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อรายการมีขนาดสีและปริมาณที่หลากหลาย ฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์ในซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซอาจถือได้ว่าเป็นระบบสินค้าคงคลังที่สามารถอัปเดตได้ทันทีทำให้ลูกค้าไม่สามารถสั่งซื้อสินค้าที่หมดสต็อกหรือไม่มีอีกต่อไป ธุรกิจขนาดเล็กอาจสนใจซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซที่มีโปรแกรมบัญชีรวมอยู่ด้วย
ซอฟต์แวร์อีคอมเมิร์ซประเภทนี้ต้องศึกษาอย่างรอบคอบเพื่อพิจารณาข้อดีและข้อเสีย โดยทั่วไปแล้วซอฟท์แวร์นอกกรอบมักเป็นที่ต้องการของบุคคลหรือ บริษัท เล็ก ๆ ที่ไม่มีความรู้ด้านการพัฒนาเว็บ ข้อดีรวมถึงอิสระในการเขียนโค้ดซอฟต์แวร์เพื่อตอบสนองความต้องการและความต้องการเฉพาะของธุรกิจ อย่างไรก็ตามจำเป็นต้องมีความรู้เกี่ยวกับการเขียนโปรแกรมและมีความเข้าใจอย่างดีเกี่ยวกับภาษามาร์กอัปไฮเปอร์เท็กซ์ (HTML) เว้นแต่จะมีการซื้อบริการของนักพัฒนาเว็บ ซอฟต์แวร์ประเภทนี้สามารถรับได้ฟรีหรือมีค่าธรรมเนียม
ซอฟต์แวร์ที่ไม่ได้เข้ารหัสจากศูนย์จะต้องมีการกำหนดค่าหรือ "ปรับแต่ง" โดยแต่ละบุคคลหรือ บริษัท ที่วางแผนที่จะใช้ ขึ้นอยู่กับขนาดและคุณสมบัติของซอฟต์แวร์อาจพอเพียง แต่อาจ "ใหญ่" สำหรับธุรกิจขนาดเล็ก โปรแกรมอีคอมเมิร์ซที่โฮสต์อาจต้องชำระค่าธรรมเนียมปกติและอาจมีข้อ จำกัด ในการใช้แอปพลิเคชัน
