ข้อเสียเปรียบหลักบางประการของการจัดการลูกค้าสัมพันธ์เกิดขึ้นเมื่อมืออาชีพไม่ได้ใช้ซอฟต์แวร์ในลักษณะที่เป็นประโยชน์ต่อองค์กรของพวกเขา เมื่อพนักงานขายละเลยที่จะอัปเดตข้อมูลลูกค้าตัวอย่างเช่นซอฟต์แวร์จะสิ้นสุดลงด้วยต้นทุนที่มากกว่าประโยชน์ทางธุรกิจ ระบบการจัดการความสัมพันธ์ลูกค้าที่นำไปใช้อย่างไม่ถูกต้องอาจทำให้เกิดปัญหากับธุรกิจได้ หากผู้บริหารตัดสินใจใช้ระบบประเภทนี้ แต่ไม่รวมทุกแผนกข้อมูลที่สร้างโดยอาจไม่ถูกต้อง ฝ่ายตรงข้ามบางคนชี้ไปที่ข้อเสียอื่น ๆ ของการจัดการความสัมพันธ์กับลูกค้าเช่นการลดบทบาทของกระบวนการขายปัญหาของการนำระบบเหล่านี้ไปใช้กับระบบธุรกิจที่มีอยู่ก่อนหน้า
การจัดการความสัมพันธ์กับลูกค้าเป็นกลยุทธ์ที่ช่วยให้ผู้เชี่ยวชาญด้านการขายและการตลาดสามารถบันทึกเข้าถึงและติดตามข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับลูกค้าและลูกค้าเป้าหมาย โดยปกติแล้วกลยุทธ์นี้ต้องการการใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่อนุญาตให้ผู้ใช้เก็บบันทึกที่สามารถช่วยให้ผู้เชี่ยวชาญด้านการกำหนดวิธีการขายและการตลาดให้กับลูกค้าใหม่และวิธีการตอบสนองลูกค้าปัจจุบัน ผู้เสนอการจัดการลูกค้าสัมพันธ์เชื่อว่าเป็นวิธีที่คุ้มค่ากว่าสำหรับผู้เชี่ยวชาญด้านการบริการและค้าปลีกเพื่อเพิ่มผลกำไร
หนึ่งในข้อเสียที่อ้างถึงมากที่สุดของการจัดการความสัมพันธ์กับลูกค้าคือมันสามารถนำไปสู่การลดทอนความเป็นมนุษย์ในกระบวนการขาย แทนที่จะเรียนรู้จากประสบการณ์โดยตรงที่ลูกค้าและบริการต้องการสินค้าพนักงานขายเข้าถึงข้อมูลที่จัดเก็บในฐานข้อมูลแบบดิจิทัล ผู้เชี่ยวชาญบางคนเชื่อว่าการขายนั้นมีประสิทธิภาพมากที่สุดเมื่อผู้เชี่ยวชาญด้านการขายสามารถดึงดูดลูกค้าในระดับอวัยวะภายใน
นักวิจารณ์บางคนชี้ไปที่ข้อเสียทางเทคนิคของการจัดการความสัมพันธ์กับลูกค้า ในกรณีส่วนใหญ่ระบบเหล่านี้จะถูกนำไปใช้กับระบบธุรกิจที่อาจมีเครือข่ายซอฟต์แวร์และฮาร์ดแวร์ที่ซับซ้อนอยู่แล้ว ผู้เชี่ยวชาญด้านการขายบางรายพบว่าระบบการจัดการความสัมพันธ์กับลูกค้าอาจเข้ากันไม่ได้กับระบบการจัดการอื่น ๆ สิ่งนี้สามารถนำไปสู่ความสับสนในหมู่ผู้ใช้และผลลัพธ์ที่ไม่สอดคล้องกัน
หนึ่งในข้อได้เปรียบที่พบบ่อยที่สุดของการจัดการความสัมพันธ์กับลูกค้าคือช่วยให้องค์กรลดต้นทุนและมีประสิทธิภาพมากขึ้น อย่างไรก็ตามผู้ว่าเชื่อว่าสิ่งที่ตรงกันข้ามนั้นเป็นจริง ระยะเวลาที่ผู้เชี่ยวชาญใช้ในการเข้าถึงและบันทึกข้อมูลนั้นบางครั้งต้องใช้เวลามากกว่าในการใช้วิธีการจัดเก็บแบบเดิม ผู้ว่าผู้อื่นชี้เวลาและเงินที่จำเป็นในการฝึกอบรมพนักงานให้ใช้ซอฟต์แวร์ใหม่
