แม้จะมีการบอกเล่าเรื่องราวที่ตรงกันข้าม แต่การปรากฏตัวของโรคภูมิแพ้ช็อคโกแลตที่แท้จริงเป็นของหายากดังนั้นจึงถือว่าไม่มีจริงในแง่ทางการแพทย์ เมล็ดต้นโกโก้ซึ่งเป็นส่วนผสมหลักในช็อคโกแลตมักจะไม่ใช่ผู้กระทำผิดเมื่อสังเกตอาการแพ้อาหารหลังจากบริโภคช็อกโกแลต อาการไม่พึงประสงค์ใด ๆ มักจะเกิดจากส่วนผสมอื่นในช็อคโกแลตและไม่แพ้ช็อคโกแลตโดยเฉพาะ
ผลิตภัณฑ์ช็อกโกแลตมักประกอบด้วยส่วนผสมอื่น ๆ ที่หลายคนอาจแพ้ เกือบทุกผลิตภัณฑ์ช็อคโกแลตมีส่วนผสมของนมเช่นนมและแพ้นมเป็นเรื่องธรรมดาโดยเฉพาะอย่างยิ่งในเด็กเล็ก สำหรับผู้ที่แพ้แลคโตส แต่สามารถทนต่อนมในปริมาณเล็กน้อยมากรสขมหวานกึ่งหวานและช็อคโกแลตอาจเป็นตัวเลือก ผลิตภัณฑ์ช็อคโกแลตเหล่านี้จะต้องมีความเข้มข้นของเหล้าช็อคโกแลตที่สูงขึ้นและทำให้มีเปอร์เซ็นต์ของนมต่ำกว่าช็อคโกแลตอ่อนหรือนม นอกจากนี้ยังมีผลิตภัณฑ์ช็อกโกแลตปราศจากนมหลายยี่ห้อสำหรับผู้ที่แพ้แลคโตสที่แพ้ง่ายมาก
ถั่วลิสงและถั่วเปลือกแข็งเช่นอัลมอนด์วอลนัทและพีแคนอาจเป็นสาเหตุของการแพ้ผลิตภัณฑ์ช็อกโกแลต แท่งลูกกวาดและผลิตภัณฑ์ช็อกโกแลตอื่น ๆ มากมายมีถั่ว แต่ก็ยังไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าเป็นปัญหา ผู้ผลิตช็อคโกแลตบางคนสร้างความเชื่อมั่นในสายการผลิตเดียวกันโดยใช้ถังและเครื่องจักรเดียวกันไม่ว่าจะมีถั่วอยู่ในผลิตภัณฑ์จริงหรือไม่ ดังนั้นแม้แต่ช็อคโกแลตที่ไม่มีส่วนผสมของถั่วอาจยังมีร่องรอยของลูกจันทน์เทศหรือน้ำมัน
สำหรับผู้ที่ไวต่อถั่วมากโดยเฉพาะผู้ที่มีอาการแพ้ถั่วอย่างรุนแรงแม้แต่ร่องรอยของผลิตภัณฑ์ถั่วเหล่านี้อาจทำให้เกิดปฏิกิริยาที่สำคัญได้ บุคคลดังกล่าวควรศึกษาฉลากและหากไม่มีการพูดถึงการผลิตที่ปราศจากสารอ่อนนุชผู้ผลิตควรได้รับการติดต่อ มีผู้ผลิตช็อกโกแลตปลอดสารพิษหลายชนิดเช่น Nothin 'Nutty®และ Vermont Nut-Free®
การปรากฏตัวของข้าวโพดในช็อคโกแลตอาจทำให้เกิดปฏิกิริยาแพ้ในบุคคลที่มีความละเอียดอ่อนซึ่งอาจตีความได้ว่าเป็นโรคภูมิแพ้ช็อคโกแลต น้ำเชื่อมข้าวโพดฟรุกโตสสูงใช้ในลูกอมช็อคโกแลตหลายยี่ห้อ เช่นในกรณีที่มีถั่วผู้ผลิตจำนวนมากผลิตช็อคโกแลตที่ไม่มีข้าวโพดในสายการผลิตเดียวกันกับผลิตภัณฑ์ที่ทำ การปนเปื้อนข้ามเป็นไปไม่ได้ที่จะหลีกเลี่ยงและแม้แต่ปริมาณข้าวโพดเพียงไม่กี่นาทีก็สามารถทำให้เกิดความเสี่ยงต่อความไวสูงได้
ผู้ร้ายที่เป็นไปได้อีกประการหนึ่งของการแพ้ช็อกโกแลตสันนิษฐานว่าเป็นถั่วเหลือง ช็อคโกแลตเป็นอิมัลชั่น - ส่วนผสมของของเหลวสองชนิดที่ปกติจะแยกออกจากกัน เพื่อป้องกันส่วนประกอบจากการแยกและเก็บช็อคโกแลตในรูปแบบของแข็งที่อุณหภูมิห้องโดยทั่วไปจะมีการเติมอิมัลซิไฟเออร์ อิมัลซิไฟเออร์ที่พบมากที่สุดที่ใช้ในผลิตภัณฑ์ช็อคโกแลตคือเลซิตินจากถั่วเหลือง สารเติมแต่งนี้อาจเป็นปัญหาสำหรับผู้ที่มีอาการแพ้ถั่วเหลือง
ผลเบอร์รี่เป็นสารเติมแต่งที่ได้รับความนิยมสำหรับช็อคโกแลตแบบบรรจุกล่องและเป็นหนึ่งในอาหารที่มีสารก่อภูมิแพ้สูง ผู้ที่มีอาการแพ้เบอร์รี่ควรหลีกเลี่ยงการจัดประเภทช็อคโกแลตเพื่อลดการสัมผัสที่เป็นไปได้ คาเฟอีนอาจเป็นปัญหาสำหรับผู้ที่ไวต่อสารเคมี แม้ว่าจะมีช็อคโกแลตในปริมาณที่ค่อนข้างน้อยแม้จะมีความเชื่อที่ได้รับความนิยม แต่ก็ยังมีคาเฟอีนมากพอที่จะทำให้เกิดปัญหาในผู้ที่มีอาการแพ้สูง สิ่งสำคัญคือให้สังเกตว่ายิ่งช็อกโกแลตเข้มยิ่งมีปริมาณคาเฟอีนสูง
ผู้ที่มีอาการแพ้ข้าวสาลีหรือกลูเตนเช่นผู้ที่เป็นโรค celiac ควรทราบฉลากเป็นพิเศษก่อนบริโภคผลิตภัณฑ์ช็อคโกแลต ช็อคโกแลตที่มีการเติมครีมมักจะใช้แป้งข้าวสาลีหรือแป้งเป็นตัวแทนที่มีผลผูกพัน มีช็อคโกแลตปราศจากกลูเตนในตลาดโดย บริษัท ต่างๆเช่นช็อคโกแลตใกล้สูญพันธุ์
ในโอกาสที่หายากมากการบริโภคผลิตภัณฑ์ช็อกโกแลตอาจทำให้เกิดอาการแพ้ในผู้ที่ทานยาProzac®หรือ serotonin reuptake inhibitors (SSRIs) อื่น ๆ ช็อคโกแลตสามารถทำให้เกิดการปล่อยสารสื่อประสาทบางชนิดรวมถึงเซโรโทนิน Prozac®และ SSRIs อื่น ๆ ยังส่งผลต่อระดับเซโรโทนินในสมอง เมื่อใช้ร่วมกับช็อคโกแลตสิ่งนี้อาจทำให้เกิดปฏิกิริยาระหว่างยา
การแพ้อาหารสามารถเกิดขึ้นได้ทุกเวลา หากสงสัยว่ามีอาการแพ้ช็อกโกแลตหรือแพ้อาหารประเภทอื่นควรปรึกษาแพทย์ หากมีอาการรุนแรงรวมถึงผื่นฉับพลันชีพจรเต้นเร็วหรือหายใจลำบากควรหาบริการทางการแพทย์ฉุกเฉิน แพทย์หรือผู้ที่แพ้ยาที่เข้าร่วมควรรับทราบถึงสิ่งที่ผลิตภัณฑ์นั้นถูกบริโภคและหากมีการใช้ยาหรือยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์
