แม้จะมีความปรารถนาและความพยายามของชาวสวนอินทรีย์หลายคน แต่ก็มีเวลาที่จะต้องใช้ยาฆ่าแมลงเพื่อกำจัดแมลงที่เข้าทำลายและทำลายพืชสวน หลายคนชอบใช้ยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติมากกว่ายาฆ่าแมลงที่ผลิตจากสารสังเคราะห์ Rotenone และ pyrethrum เป็นยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติที่รู้จักกันดีและใช้กันอย่างแพร่หลายที่ได้จากพืช ยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติอื่น ๆ ได้แก่ นิโคตินน้ำมันสะเดาและสบู่
Rotenone และ pyrethrum มักใช้เป็นยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติ Rotenone นั้นได้มาจากรากของพืชเมืองร้อนและกึ่งเขตร้อนของพืชสกุล Derris Rotenone ทำหน้าที่เป็นยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติในวงกว้างที่เป็นพิษทั้งในการสัมผัสและโดยการกลืน โดยทั่วไปจะใช้ Rotenone เป็นฝุ่นหรือสเปรย์และในขณะที่ไม่เป็นพิษต่อพืชเป็นพิษต่อปลาและเป็นพิษปานกลางต่อสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่อบอุ่น
ไพรีทรัมมาจากดอกเบญจมาศดัลเมเชี่ยนและใช้ในรูปแบบฝุ่นหรือของเหลว ในระดับความเข้มข้นขนาดใหญ่จะทำหน้าที่เป็นยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติโดยโจมตีระบบประสาทส่วนกลางของแมลง ไพรีทรัมที่ความเข้มข้นเล็กน้อยอาจไม่เป็นพิษต่อแมลง แต่ยังคงความสามารถในการขับไล่แมลง ไพรีทรัมเป็นพิษต่อปลา แต่เป็นพิษต่อสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมน้อยกว่ายาฆ่าแมลงสังเคราะห์ สามารถย่อยสลายได้และสลายตัวได้ง่ายเมื่อสัมผัสกับแสง
ชาวสวนอินทรีย์บางคนแนะนำให้ใช้สบู่ซึ่งใช้เป็นยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติมาเป็นเวลาหลายร้อยปี การเจือจางน้ำยาล้างจานน้ำยาล้างจานเช่นงาช้างด้วยน้ำไปจนถึงสารละลาย 1-2% ที่สามารถฉีดพ่นเพื่อปกปิดพืชได้ถูกค้นพบว่ามีประสิทธิภาพในการควบคุมแมลง อย่างไรก็ตามควรใช้ความระมัดระวังเนื่องจากการปกปิดซ้ำ ๆ อย่างทั่วถึงด้วยสบู่ที่มีความเข้มข้นสูงอาจทำให้พืชบางชนิดเสียหายได้ สบู่ในฐานะยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติอาจเป็นพิษต่อมนุษย์และสัตว์น้อยกว่าทางเลือกอื่น ๆ แต่มันก็มีประสิทธิภาพน้อยกว่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อรักษาด้วยการระบาด
ในขณะที่พบว่านิโคตินสะเดาและยาฆ่าแมลงพฤกษศาสตร์อื่น ๆ ที่ไม่ได้กล่าวถึงในที่นี้จะมีประสิทธิภาพโดยมีความสำเร็จเพียงเล็กน้อยถึงปานกลาง แต่ควรใช้ยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติชนิดใดชนิดหนึ่งให้น้อยที่สุดเท่าที่จะทำได้ เพียงเพราะคุณใช้ยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติแทนที่จะเป็นสารสังเคราะห์ไม่ได้หมายความว่ามันจะเป็นอันตรายต่อสัตว์หรือมนุษย์น้อยกว่า การใช้ยาฆ่าแมลงตามธรรมชาติชนิดใด ๆ ควรดำเนินการอย่างปลอดภัยและเฉพาะในความถี่ที่จำเป็นเพื่อรักษาพืชผลไม้หรือผัก
