การฉีดวัคซีนไข้เหลืองมีผลข้างเคียงคล้ายคลึงกับวัคซีนอื่น ๆ คนส่วนใหญ่ที่มีผลข้างเคียงจะรู้สึกไม่สบายเพียงเล็กน้อย: บริเวณที่ถูกยิงอาจเจ็บช้ำและบวม; อาจมีไข้เล็กน้อยพร้อมกับความเจ็บปวดและหนาวสั่น คนไม่กี่คนที่มีอาการรุนแรงอาจมีปัญหาในการหายใจการเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมการชักไข้สูงหัวใจเต้นผิดปกติลมพิษและอาการอื่น ๆ ที่ต้องได้รับการรักษาพยาบาลทันที ผลข้างเคียงของการฉีดวัคซีนไข้เหลืองมักเกิดขึ้นภายใน 1 ชั่วโมงแรกหลังจากมีการฉีด แต่ก็สามารถพัฒนาได้ภายใน 30 วันหลังจากการฉีด
ผู้ปฏิบัติงานทางการแพทย์จะเฝ้าระวังอย่างระมัดระวังมากขึ้นสำหรับผลข้างเคียงในคนที่ไม่เคยมีอาการไข้เหลือง หากไม่มีประวัติการฉีดวัคซีนมันเป็นไปไม่ได้เลยที่จะรู้ว่าคน ๆ นั้นจะมีปฏิกิริยาอย่างไร ผู้ที่เคยฉีดยาและไม่เคยพบผลข้างเคียงใด ๆ มีโอกาสเกิดผลข้างเคียงไม่มากนักจากการฉีดซ้ำ
หลายคนพบกับผลกระทบที่ไม่รุนแรงหลังจากเกิดไข้เหลืองเช่นความรุนแรงหรือความฝืดที่บริเวณที่ฉีดยา คนที่มีอาการเจ็บเล็กน้อยอาจมีรอยแดงช้ำและอาจบวมบริเวณที่ฉีด อาจมีไข้เล็กน้อยและอายุสั้น สำหรับอาการดังกล่าวการรักษาพยาบาลมักไม่จำเป็น อาการจะชัดเจนขึ้นตามกาลเวลา หากมีความประสงค์พวกเขาอาจใช้ยาที่เคาน์เตอร์เพื่อช่วยบรรเทาไข้และความรุนแรง
ผู้ที่มีอาการรุนแรงควรรีบไปพบแพทย์ทันที ผลข้างเคียงที่รุนแรงจากการฉีดวัคซีนไข้เหลืองมักเกิดจากปฏิกิริยาการแพ้และอาจถึงตายได้ โดยทั่วไปแล้วผู้ที่ประสบปฏิกิริยาดังกล่าวจะแพ้ไก่ไข่หรือเจลาติน - ส่วนผสมทั่วไปทั้งหมดในการฉีดวัคซีน
ผู้ที่มีอาการภูมิแพ้ดังกล่าวได้รับการสนับสนุนให้หลีกเลี่ยงการเดินทางไปยังส่วนต่าง ๆ ของแอฟริกาและอเมริกาใต้ที่มีเชื้อไวรัสไข้เหลืองร่วมด้วย หากคนที่มีอาการแพ้ไข่หรือไก่ต้องเดินทางไปยังภูมิภาคดังกล่าวแพทย์อาจยังแนะนำวัคซีนไข้เหลืองถ้าเชื่อว่าการติดเชื้อไวรัสเชื่อว่ามีอันตรายถึงชีวิตมากกว่าการแพ้จากการยิง แพทย์สามารถให้การฉีดวัคซีนในปริมาณที่น้อยลงโดยหวังว่าจะทำให้เกิดอาการแพ้ที่รุนแรงน้อยลง
กลุ่มประชากรบางกลุ่มมีแนวโน้มที่จะได้รับผลข้างเคียงที่รุนแรงจากการฉีดไข้เหลืองมากกว่าผู้อื่น ตามที่กล่าวไว้ผู้ที่มีอาการแพ้สัตว์ปีกมีความเสี่ยง สตรีมีครรภ์ควรได้รับวัคซีนเช่นกันเพราะอาจเป็นอันตรายต่อเด็กในครรภ์ ผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอและมีประสบการณ์อวัยวะล้มเหลวอันเป็นผลมาจากการเจ็บป่วยที่รุนแรงอาจได้รับการแนะนำต่อการฉีด เด็กอายุต่ำกว่าเก้าเดือนและโดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้ที่อายุน้อยกว่าหกเดือนถือว่ามีความเสี่ยงสูงต่อผลข้างเคียง
