ไวรัสแบคทีเรียและเชื้อราเป็นสาเหตุของการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจโดยไวรัสมักเป็นวิธีที่พบได้บ่อยที่สุด โดยปกติแล้วแบคทีเรียมักจะเป็นโรคที่พบได้บ่อยที่สุดและโดยทั่วไปเชื้อราจะทำให้การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจลดลง บางครั้งสาเหตุเบื้องต้นของการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจคือการระคายเคืองต่อระบบทางเดินหายใจซึ่งทำให้บุคคลเสี่ยงต่อการติดเชื้อ คนส่วนใหญ่ต้องทนทุกข์ทรมานจากการติดเชื้อทางเดินหายใจเล็ก ๆ น้อย ๆ เป็นครั้งคราวและอาจติดเชื้อร้ายแรงเพียงเล็กน้อย บุคคลที่มีระบบภูมิคุ้มกันซึมเศร้ามีแนวโน้มที่จะพัฒนาการติดเชื้อที่ร้ายแรงและยากต่อการรักษากว่าคนทั่วไป แต่ใครก็ตามสามารถตกเป็นเหยื่อของการเจ็บป่วยทางเดินหายใจอย่างรุนแรง
ในสถานที่ส่วนใหญ่ไวรัสอยู่ด้านบนในรายการสาเหตุของการติดเชื้อทางเดินหายใจ นี่คือสาเหตุที่ความจริงที่ว่าไวรัสที่ทำให้เกิดการติดเชื้อชนิดนี้มักจะติดต่ออย่างมากและแพร่กระจายผ่านละอองในอากาศเช่นเดียวกับการติดต่อ ยกตัวอย่างเช่นคน ๆ หนึ่งสามารถจับไวรัสโดยการหายใจในพื้นที่อากาศเดียวกับที่ผู้ติดเชื้อเพิ่งไอหรือจาม ท่านสามารถจับไวรัสโดยการจูบผู้ติดเชื้อหรือสัมผัสพื้นผิวที่มีเชื้อไวรัสจากนั้นสัมผัสดวงตาจมูกหรือปากของเขา
แบคทีเรียเป็นสาเหตุของการติดเชื้อทางเดินหายใจ บางครั้งการติดเชื้อเหล่านี้มีการหดตัวในลักษณะเดียวกับไวรัส แต่ก็สามารถพัฒนาในลักษณะอื่นได้เช่นกัน ตัวอย่างเช่นหากบุคคลสูดดมสารที่มีแบคทีเรียที่ทำให้เกิดการติดเชื้อเขาอาจป่วย บุคคลสามารถพัฒนาการติดเชื้อไวรัสซึ่งมีความซับซ้อนจากการติดเชื้อแบคทีเรีย - นี่เป็นข้อกังวลโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับผู้ที่อ่อนแอระบบภูมิคุ้มกัน ตัวอย่างเช่นบุคคลอาจพัฒนาไข้หวัดใหญ่ แต่แทนที่จะดีขึ้นในหนึ่งสัปดาห์หรือประมาณนั้นเชื้อจะเข้าสู่การติดเชื้อในปอด
สาเหตุที่พบบ่อยของการติดเชื้อทางเดินหายใจ ได้แก่ เชื้อราเช่นกัน บางครั้งคนสูดดมสปอร์ของเชื้อราและกลายเป็นผลที่ตามมา แต่มันก็ไม่ใช่เรื่องง่ายที่จะระบุสาเหตุของการติดเชื้อในกรณีนี้ ในกรณีอื่น ๆ การติดเชื้อราอาจเริ่มในส่วนอื่นของร่างกายและแพร่กระจายไปสู่การติดเชื้อระบบทางเดินหายใจ เชื้อราสามารถติดเชื้อได้ทุกคน แต่ผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแออาจพิสูจน์ได้ว่ามีความเสี่ยงมากที่สุด ตัวอย่างเช่นบุคคลที่มีโรคระบบภูมิคุ้มกันเช่นโรคภูมิคุ้มกันบกพร่อง (เอดส์) อาจพิสูจน์ได้ว่ามีแนวโน้มที่จะพัฒนาการติดเชื้อทางเดินหายใจของเชื้อราและมีปัญหาในการต่อสู้มากกว่าคนที่มีระบบภูมิคุ้มกันปกติ
