หนึ่งในวิธีทั่วไปในการทำความสะอาดระบบย่อยอาหารคือการอดอาหารเป็นเวลาหลายชั่วโมงหรือสองสามวัน สารบางชนิดเช่นถ่านกัมมันต์ยังสามารถนำไปใช้ในการดูดซับสารพิษและสารอันตรายอื่น ๆ ในทางเดินอาหาร ขั้นตอนการทำสวนทวารหนักและทวารหนักนั้นมีประสิทธิภาพมากในการทำความสะอาดส่วนล่างของระบบทางเดินอาหาร หนึ่งในวิธีที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดในการรักษาความสะอาดของทางเดินอาหารและในการทำงานที่เหมาะสมคือการรับประทานอาหารที่สมดุลเพื่อสุขภาพที่มีใยอาหารมากมาย
การกำจัดอาหารที่เป็นของแข็งออกจากอาหารหรือการอดอาหารมักเป็นหนึ่งในวิธีที่นิยมใช้ในการทำความสะอาดระบบย่อยอาหาร การไม่มีขยะมูลฝอยในทางเดินอาหารช่วยให้ร่างกายสามารถล้างสารพิษที่สะสมอยู่ที่นั่น ไม่แนะนำให้ถือศีลอดเป็นเวลานาน แต่คนส่วนใหญ่มักอดอาหารเป็นเวลาไม่เกิน 12 ถึง 24 ชั่วโมง การพยายามอดอาหารอย่างรวดเร็วนานกว่าสองสามวันอาจเป็นอันตรายได้
เมื่อถือศีลอดคนมักจะแนะนำให้อยู่ในน้ำโดยดื่มน้ำ น้ำผลไม้เร็วสามารถใช้ทำความสะอาดระบบย่อยอาหารได้ ระหว่างการอดอาหารประเภทนี้คนมักดื่มน้ำและน้ำผลไม้เท่านั้น
ถ่านกัมมันต์และเบนโทไนต์เม็ดดินยังสามารถใช้สำหรับทำความสะอาดระบบย่อยอาหาร เมื่อกลืนกินสารประกอบเหล่านี้สามารถดูดสารพิษเช่นโลหะหนักและยาฆ่าแมลงและจุลินทรีย์ที่เป็นอันตรายที่มีอยู่ในทางเดินอาหาร สิ่งเหล่านี้จะถูกขับออกจากร่างกายด้วยอุจจาระ สารประกอบทั้งสองนี้สามารถก่อให้เกิดผลข้างเคียงบางอย่างรวมถึงอาการท้องผูก
ขั้นตอนการทำสวนทวารหนักและทวารหนักเป็นวิธีการอื่นในการทำความสะอาดระบบทางเดินอาหาร วิธีการเหล่านี้มักจะใช้เพื่อทำความสะอาดส่วนล่างของระบบทางเดินอาหารเท่านั้น สวนโดยทั่วไปเกี่ยวข้องกับการบีบน้ำอุ่นเข้าไปในไส้ตรง การทำเช่นนี้จะช่วยล้างสารพิษและทำให้อุจจาระแข็งออกจากร่างกาย
วารีบำบัดลำไส้ใหญ่บางครั้งเรียกว่าชลประทานลำไส้ใหญ่ โดยทั่วไปขั้นตอนนี้เกี่ยวข้องกับการวางท่อฆ่าเชื้อลงในไส้ตรงและล้างลำไส้ส่วนล่างด้วยน้ำอุ่น ซึ่งแตกต่างจากสวนซึ่งทำความสะอาดเฉพาะส่วนล่างของลำไส้ส่วนล่าง, วารีบำบัดลำไส้ใหญ่มักจะทำความสะอาดลำไส้ส่วนล่างทั้งหมด
วิธีที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดในการทำความสะอาดระบบย่อยอาหารและป้องกันการสะสมของสารพิษ แต่เกี่ยวข้องกับการรับประทานอาหารที่สมดุลเพื่อสุขภาพ ไม่ควรรับประทานอาหารที่มีไขมันและน้ำตาลกลั่นหรืออย่างน้อยรับประทานในปริมาณที่เหมาะสม บุคคลควรแน่ใจว่าได้รับปริมาณเส้นใยที่เพียงพอซึ่งจำเป็นสำหรับระบบย่อยอาหารที่ดีต่อสุขภาพและการขับถ่ายเป็นประจำ แหล่งที่มาของใยอาหารตามธรรมชาติ ได้แก่ ผักผลไม้และธัญพืช
