มีปัญหาหลายอย่างที่สามารถเกิดขึ้นได้จากการทำรากฟันเทียม ตัวอย่างเช่นการติดเชื้อสามารถเกิดขึ้นได้ในบริเวณรอบ ๆ รากฟันเทียม การวางตำแหน่งที่ไม่ดีของรากฟันเทียมยังสามารถทำให้เกิดอาการปวดเส้นประสาทและความเสียหาย หากตั้งค่ารากฟันเทียมไม่ถูกต้องอาจจะหลวมหรือไม่มั่นคงเช่นกัน ในบางกรณีมันอาจแตกหักและจำเป็นต้องเปลี่ยนหรือร่างกายอาจปฏิเสธ
ปัญหาที่พบบ่อยอย่างหนึ่งที่พบบ่อยคือการติดเชื้อ แบคทีเรียสามารถสะสมในเหงือกรอบ ๆ รากฟันเทียมทำให้เกิดอาการปวดบวมและอักเสบ ฟันที่อยู่รอบ ๆ รากฟันเทียมอาจได้รับผลกระทบเช่นกันและในบางกรณีการติดเชื้ออาจทำให้กระดูกขากรรไกรสูญหายได้ เมื่อสิ่งนี้เกิดขึ้นพื้นที่โดยทั่วไปจะต้องมีการทำความสะอาดและรักษาด้วยน้ำยาบ้วนปากน้ำยาฆ่าเชื้อหรือยาปฏิชีวนะ; ในกรณีที่รุนแรงจำเป็นต้องทำการฝังรากฟันเทียมเพื่อให้การติดเชื้อนั้นหายไปและสามารถรักษาได้
อีกหนึ่งประเภทของปัญหารากฟันเทียมที่สามารถเกิดขึ้นได้คือเมื่อเส้นประสาทในขากรรไกรได้รับผลกระทบ หากวางรากฟันเทียมไว้บนหรือใกล้กับเส้นประสาทก็สามารถสร้างแรงกดดันต่อมันทำให้เกิดความเจ็บปวดหรือความเสียหาย รากฟันเทียมที่วางไว้อย่างไม่เหมาะสมด้วยวิธีนี้มักจะต้องถูกลบออกและตั้งค่าใหม่ในตำแหน่งที่เหมาะสมกว่า
การปลูกฝังสิ่งนี้ไม่ได้อยู่ในกระดูกอย่างแน่นหนานอกจากนี้ยังสามารถสั่นคลอนและหลวม; สิ่งนี้อาจเกิดขึ้นได้จากหลายสาเหตุ ตัวอย่างเช่นการผ่าตัดครั้งแรกอาจไม่ได้ดำเนินการอย่างถูกต้องหรือจำนวนของกระดูกที่ฝังรากเทียมอาจไม่เพียงพอที่จะทำให้มันคงที่ แรงกดที่มากเกินไปของรากฟันเทียมจากฟันอื่นอาจทำให้ฟันหลุดได้เช่นกัน ด้วยปัญหาการฝังรากฟันเทียมประเภทนี้สถานการณ์จะต้องได้รับการประเมินและแก้ไขตามความเหมาะสมเพื่อให้รากฟันเทียมมีความแน่นมากขึ้น
ความล้มเหลวโดยสิ้นเชิงของการปลูกถ่ายเป็นอีกปัญหาหนึ่งของการใส่รากฟันเทียม โลหะที่ใช้ทำรากฟันเทียมโดยทั่วไปแล้วไทเทเนียมอาจโค้งงอและอาจแตกหักได้ แม้ว่ามันจะไม่ได้เป็นเรื่องธรรมดามากนักเมื่อทันตแพทย์ทำการสอดใส่ทันตแพทย์จะต้องเปลี่ยนมันใหม่
รากฟันเทียมเป็นวัตถุแปลกปลอมที่ถูกเสียบเข้าไปในขากรรไกรและบางครั้งร่างกายของผู้ป่วยจะปฏิเสธมัน ร่างกายคิดว่ามันเป็นผู้บุกรุกดังนั้นจึงไม่ต้องการให้มันปรากฏ ในกรณีเหล่านี้ร่างกายของผู้ป่วยอาจผลักอวัยวะเทียมออกไป ผู้ป่วยในสถานการณ์นี้อาจต้องพิจารณาทางเลือกอื่น ๆ เนื่องจากร่างกายของพวกเขาอาจปฏิเสธความพยายามเพิ่มเติมที่ใส่ในการปลูกถ่าย
