มีแบคทีเรียหลายชนิดที่พบในทางเดินอาหารของบุคคล บางชนิดเป็นแบคทีเรียทางเดินอาหารที่ช่วยในกระบวนการย่อยอาหารและช่วยให้มีสุขภาพที่ดี แบคทีเรียชนิดอื่นอาจเข้าพักอาศัยในทางเดินอาหารและทำให้เกิดปัญหาสุขภาพ ในบรรดาชนิดของแบคทีเรียที่พบในทางเดินอาหารคือ Lactobacillus, Bifidobacterium และ Escherichia
แลคโตบาซิลลัส acidophilus เป็นแบคทีเรียชนิดหนึ่งที่อาศัยอยู่ในลำไส้เล็กของบุคคล มันถูกพิจารณาว่าเป็นประโยชน์ของแบคทีเรียด้วยเหตุผลบางประการ แบคทีเรียนี้สังเคราะห์วิตามินเคและมีความสามารถในการเผาผลาญแลคโตสซึ่งเป็นน้ำตาลชนิดหนึ่งที่พบในผลิตภัณฑ์นม มันยังผลิตสารที่ป้องกันแบคทีเรียที่เป็นอันตรายจากการเจริญเติบโตและทวีคูณในทางเดินอาหาร หากบุคคลมีแบคทีเรียนี้ไม่เพียงพอในทางเดินอาหารของเขาการย่อยอาหารอาจลดลง
บ่อยครั้งที่ผู้คนให้ความสนใจกับความสามารถของ Lactobacillus acidophilus ในการลดการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่เป็นอันตราย แบคทีเรียทางเดินอาหารนี้ยังช่วยร่างกายในการผลิตกลุ่มวิตามินบีอย่างไรก็ตาม แบคทีเรียยังกล่าวอีกว่าช่วยรักษาระดับคอเลสเตอรอลในระดับปกติ
Bifidobacterium เป็นแบคทีเรียที่เป็นมิตรอีกชนิดหนึ่งที่พบได้ในระบบทางเดินอาหารของคน มันอาศัยอยู่ในลำไส้ใหญ่ของบุคคลและมีบทบาทสำคัญในการปกป้องร่างกายจากยีสต์บางชนิดรวมทั้งแบคทีเรียที่เป็นอันตรายมากกว่าเป็นประโยชน์ แบคทีเรียนี้สามารถรบกวนแบคทีเรียที่ทำให้ลำไส้อักเสบและทำให้ผู้ได้รับผลกระทบมีอาการท้องเสีย มันทำงานโดยขัดขวางความสามารถของแบคทีเรียที่จะเติบโต นอกจากนี้ยังอาจช่วยให้ร่างกายผลิตวิตามินบี
Streptococcus thermophilus เป็นแบคทีเรียย่อยอาหารที่ช่วยให้ร่างกายผลิตเอนไซม์แลคโตส เอนไซม์เหล่านี้มีความสำคัญต่อการย่อยผลิตภัณฑ์นม แบคทีเรียนี้ยังช่วยให้เยื่อบุทางเดินอาหารของบุคคลได้รับการปกป้องเมื่อนมและผลิตภัณฑ์นมผ่านกระบวนการย่อยอาหาร ในความเป็นจริงแล้วแบคทีเรียชนิดนี้ยังได้รับการกล่าวขานว่าช่วยให้ผู้คนหลีกเลี่ยงอาการไม่พึงประสงค์จากการแพ้แลกโตส
หลายคนเคยได้ยินเกี่ยวกับเชื้อ Escherichia coli ซึ่งมักเรียกกันโดยย่อว่า E. coli แบคทีเรียชนิดนี้มักเป็นผู้ร้ายเมื่อมีคนป่วยเป็นโรคทางเดินอาหารเช่นที่ทำให้อาเจียนและท้องเสีย Escherichia coli เป็นกลุ่มของแบคทีเรียทั้งหมดและบางชนิดก็เป็นมิตร แบคทีเรียย่อยอาหารบางสายพันธุ์นี้ช่วยให้ร่างกายย่อยอาหารของพืช บางคนยังช่วยให้ร่างกายผลิตวิตามินเค
