ในขณะที่อาการไม่ย่อยและการเรออาจไม่รุนแรง แต่สาเหตุบางอย่างอาจร้ายแรงมาก สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดคือโรคกรดไหลย้อน gastroesophageal (GERD) โรคกระเพาะและแผลในกระเพาะอาหาร โรคกรดไหลย้อนเกิดขึ้นเมื่ออาหารเดินทางกลับหลอดอาหารแทนที่จะอยู่ในกระเพาะอาหาร แผลในกระเพาะอาหารและแผลในกระเพาะอาหารมีความคล้ายคลึงกันซึ่งทั้งคู่เป็นความผิดปกติเกี่ยวกับกระเพาะอาหาร การอักเสบและการระคายเคืองของเยื่อบุกระเพาะอาหารเรียกว่าโรคกระเพาะในขณะที่แผลในกระเพาะอาหารเป็นแผลที่ผลิตในเยื่อบุ
ผู้ป่วยโรคกรดไหลย้อนอาจคิดว่าพวกเขากำลังมีอาการกรดไหลย้อนเพราะทั้งคู่อธิบายความผิดปกติของเนื้อหาในกระเพาะอาหารที่ถูกปล่อยเข้าสู่หลอดอาหาร อาหารไม่ได้เป็นเพียงสิ่งเดียวที่ทำให้หลอดอาหารเดินทางไปได้ แต่ยังมีน้ำดีในบางกรณี โรคหอบหืดโรคอ้วนและการสูบบุหรี่เป็นเพียงปัจจัยเสี่ยงบางส่วนที่เกี่ยวข้องกับโรคกรดไหลย้อน อาการกรดไหลย้อนนอกเหนือจากการย่อยและเรอแล้วยังรวมถึงการอาเจียนของเลือดความยากลำบากในการกลืนและอาการเจ็บหน้าอก การรักษาโรคกรดไหลย้อนมีตั้งแต่ยารักษาโรคทั่วไปจนถึงการผ่าตัด
โรคกระเพาะเกิดขึ้นเมื่อเยื่อบุกระเพาะอาหารบวมหรือระคายเคือง การอักเสบเป็นผลมาจากการเจริญของแบคทีเรียมากเกินไปและการติดเชื้อ บุคคลสามารถระบุโรคกระเพาะที่เป็นไปได้โดยอุจจาระสีดำมีเลือดออกจากไส้ตรงและอาเจียนพร้อมกับอาหารไม่ย่อยและเรอ ในกรณีส่วนใหญ่โรคกระเพาะสามารถรักษาได้ง่าย แต่ในบางกรณีอาจนำไปสู่โรคมะเร็งกระเพาะอาหาร การแทรกแซงอาหารเช่นการหลีกเลี่ยงอาหารรสเผ็ดและยาลดกรดมักใช้ในการรักษาโรคกระเพาะ
แผลในกระเพาะอาหารแตกต่างจากโรคกระเพาะเนื่องจากแผลที่เจ็บปวดพัฒนาในเยื่อบุกระเพาะอาหาร ยาบางชนิดสามารถทำให้เกิดแผลเช่น ibuprofen และแอสไพริน บ่อยครั้งที่สาเหตุคือการติดเชื้อแบคทีเรียจากสายพันธุ์ที่เรียกว่า Helicobacter pylori ผู้ที่เป็นแผลในกระเพาะอาหารจะมีอาการปวดที่กัดแทะ แต่ยังมีปัญหาอาหารไม่ย่อยและเรอ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความรุนแรงของอาการปวดแผลในกระเพาะอาหารสามารถรักษาด้วยยาลดกรดหรืออาจต้องการความช่วยเหลือทางการแพทย์ฉุกเฉิน
อาหารไม่ย่อยและเรอมักจะได้รับเมื่อควรจะทำให้เกิดความกังวล มักจะมีอาการอื่น ๆ ที่สามารถเร่งปัญหาจากอาการไม่รุนแรงไปจนถึงอาการที่ควรกังวล อาการปวดอย่างรุนแรงและเรื้อรังเป็นตัวอย่างของอาการที่ควรรายงานต่อแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ เขาหรือเธอสามารถบริหารการทดสอบที่เหมาะสมเพื่อวินิจฉัยเงื่อนไขใด ๆ เหล่านี้ถ้ามีเป็นสาเหตุพื้นฐาน แพทย์และผู้เชี่ยวชาญด้านสุขภาพอื่น ๆ มักจะแนะนำการรักษาที่เหมาะสมซึ่งกำหนดเป้าหมายที่เฉพาะเจาะจงมากกว่าคำแนะนำทั่วไปของการใช้ยาแก้ท้องเฟ้อ
