มีสาเหตุหลายประการที่ทำให้เกิดอาการท้องร่วงในตอนเช้า แต่ปัจจัยที่พบได้บ่อยที่สุดคืออาการลำไส้แปรปรวน (IBS) ปัญหาง่าย ๆ อื่น ๆ เช่นความเครียดยังสามารถทำให้อุจจาระอ่อนลงในลักษณะนี้เช่นเดียวกับปัญหาทางการแพทย์ที่รุนแรงมากขึ้นเช่นโรคของ Crohn และมะเร็งลำไส้ใหญ่ วิธีที่ถูกต้องและปลอดภัยที่สุดในการค้นหาสาเหตุของโรคท้องร่วงในตอนเช้าคือกำหนดเวลาการเยี่ยมชมกับผู้ให้บริการทางการแพทย์ที่ได้รับใบอนุญาตและมีการทดสอบบางอย่างซึ่งมักจะประกอบด้วยงานในห้องปฏิบัติการและการทดสอบอื่น ๆ การทดสอบขั้นพื้นฐานบางอย่างจะทำก่อนที่จะแยกแยะปัจจัยที่พบบ่อยที่สุดจากนั้นจะทำการทดสอบที่เกี่ยวข้องเพิ่มเติมจนกว่าจะพบสาเหตุของอาการท้องร่วง
อาการลำไส้แปรปรวน (IBS) เป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของอาการท้องเสียตอนเช้าและมักจะเป็นเงื่อนไขทางการแพทย์แรกที่จะตรวจสอบเมื่ออาการเหล่านี้พื้นผิว แน่นอนการติดเชื้อในทางเดินอาหารจะถูกตัดออกก่อนซึ่งหมายความว่าลำไส้ใหญ่จะถูกตรวจสอบพร้อมกับการทดสอบโรคของ Crohn IBS เกิดขึ้นเมื่อลำไส้และลำไส้ใหญ่ไม่หดตัวอย่างราบรื่นตามที่ควรจะเป็นและมักจะมีส่วนร่วมในการรับประทานอาหาร การเปลี่ยนแปลงรูปแบบการกินพื้นฐานจะช่วยแก้ปัญหานี้ได้อย่างมีประสิทธิภาพไม่ว่าจะเป็นการรับประทานอาหารในช่วงเย็นหรือการกินเพื่อสุขภาพ ปฏิกิริยาการแพ้อาหารที่เฉพาะเจาะจงยังสามารถทำให้เกิด IBS ได้ดังนั้นรูปแบบเหล่านี้จะต้องได้รับการวิเคราะห์จนกว่าจะพบปัญหาและจากนั้นการเปลี่ยนแปลงเพื่อลบปัญหาเหล่านั้นจะต้องถูกนำมาใช้
ยาบางชนิดอาจมีผลต่ออุจจาระ ยาปฏิชีวนะได้รับการแสดงในการศึกษาจำนวนมากที่จะทำให้เกิดอาการท้องเสียตอนเช้า ปัญหานี้สามารถเกิดขึ้นได้ทุกเวลา แต่อาการท้องเสียตอนเช้าเป็นเรื่องปกติอย่างยิ่งเพราะเมื่อร่างกายและจิตใจตื่นขึ้นอวัยวะภายในของร่างกายก็จะเกิดขึ้นเช่นกัน ยาอื่น ๆ อีกมากมายสามารถทำให้อุจจาระหลวมดังนั้นผู้ให้บริการทางการแพทย์ที่ประเมินผู้ป่วยจะต้องรู้เกี่ยวกับยาที่ใช้
โรคต่าง ๆ ยังสามารถทำให้เกิดปัญหากับอุจจาระในตอนเช้า ท้องเสียตอนเช้าอาจเกิดจากโรคของ Crohn มะเร็งลำไส้ใหญ่และลำไส้ใหญ่อักเสบรวมถึงปัญหาที่รุนแรงน้อยลงเช่นปัญหาอาหารเป็นพิษและอีโคไล หาก IBS ถูกตัดออกไปและการวิเคราะห์อาหารและการใช้ชีวิตไม่พบสาเหตุของปัญหาการทดสอบเฉพาะจะเสร็จสมบูรณ์เพื่อควบคุมความทุกข์เหล่านี้ทั้งหมด อาการท้องเสียตอนเช้าอาจเกิดจากปัจจัยหลายประการดังนั้นผู้ให้บริการทางการแพทย์มืออาชีพจึงต้องทำการทดสอบหลายอย่างเพื่อแยกปัญหาซึ่งเป็นขั้นตอนแรกในการแก้ปัญหา
