ไวรัสและแบคทีเรียเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้เกิดอาการเจ็บคอและคลื่นไส้ สารก่อภูมิแพ้สิ่งแวดล้อมโรคและยายังสามารถกระตุ้นให้เกิดอาการเจ็บคอและคลื่นไส้ด้วยกันหรือแยกกัน ผู้ป่วยที่ได้รับการรักษาโรคมะเร็งมักจะบ่นว่าเคมีบำบัดสามารถทำให้เกิดอาการเจ็บคอและคลื่นไส้ ความเจ็บปวดจากอาการเจ็บคอและคลื่นไส้มักจะอยู่ในช่วง 24 ชั่วโมงถึงสามวัน
อาการเจ็บคอสามารถเกิดขึ้นได้จากการจู่โจมของไวรัสหวัดทั่วไปในฐานะที่เป็นความรู้สึกที่ดิบและปวดในเยื่อบุคอซึ่งสังเกตได้ชัดเจนที่สุดในระหว่างการกลืน กรณีที่รุนแรงอาจทำให้กลืนลำบากและมักเกิดขึ้นกับเสมหะ นอกเหนือจากโรคหวัดโรคซางไข้หวัดใหญ่และเชื้อโมโนนีโอซีสเป็นไวรัสชนิดอื่นโดยเฉพาะที่ส่วนใหญ่มักมีอาการเจ็บคอ ไวรัสที่ทำให้เกิดโรคอีสุกอีใสและโรคหัดยังสามารถผลิตลำคอดิบและปวด
ใน 10% ถึง 50 เปอร์เซ็นต์ของกรณีเจ็บคอแบคทีเรียแบคทีเรียสเตรปโทคอกคัสดูเหมือนจะเป็นความผิดตามด้วยแบคทีเรีย arcanobacterium haemolyticum ที่รู้จักกันว่าเป็นผื่น สาเหตุที่เฉพาะเจาะจงอื่น ๆ ของแบคทีเรีย ได้แก่ ต่อมทอนซิลอักเสบและคอตีบ แบคทีเรียในอากาศเหล่านี้พร้อมกับไวรัสในอากาศที่ระบุไว้ก่อนหน้านี้แพร่กระจายจากผู้ป่วยรายหนึ่งไปยังอีกคนได้อย่างง่ายดายโดยการบุกรุกอากาศรอบ ๆ อันเป็นผลมาจากการจามและไอเหมาะกับคนที่ทุกข์ยาก จากนั้นมีการติดเชื้อเข้าสู่ระบบทางเดินหายใจ การสัมผัสเมือกและเชื้อโรคบนผ้าขนหนูที่ใช้ร่วมกันที่จับประตูและเครื่องใช้ในการรับประทานอาหารสามารถส่งผ่านจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดอาการเจ็บคอ
สำหรับอาการคลื่นไส้ซึ่งเป็นเงื่อนไขของการมีกระเพาะอาหารที่ไม่มั่นคงซึ่งพยายามที่จะขับถ่ายของมันออกไปปอดบวมและหลอดลมอักเสบเป็นสาเหตุของแบคทีเรียและไวรัสชั้นนำ บ่อยครั้งโรคกระเพาะที่เกิดจากเชื้อแบคทีเรีย E.coli, salmonella และ listeria ในอาหารหรือน้ำเป็นสาเหตุของอาการคลื่นไส้ การอักเสบของเยื่อบุกระเพาะอาหารหรือที่เรียกว่าโรคกระเพาะอย่างเป็นทางการอาจเกิดขึ้นได้จากไข้หวัดในกระเพาะอาหาร
โรคต่าง ๆ เช่นตับอ่อนตับอักเสบและมะเร็งมักทำให้เกิดอาการคลื่นไส้ บ่อยครั้งที่เนื้องอกในเยื่อบุกระเพาะอาหารไม่ถูกตรวจพบจนกว่าผู้ป่วยจะเริ่มอาเจียนเป็นประจำแล้วไปพบแพทย์เพื่อขอคำอธิบายและการวินิจฉัย โลกีย์เป็นต้นเหตุของกลิ่นเหม็นอาหารที่ไม่พึงประสงค์และความกังวลยังสามารถนำไปสู่อาการคลื่นไส้ เช่นกันเช่นแพ้ท้องและตั้งครรภ์
เมื่ออาการเจ็บคอและคลื่นไส้นานกว่า 72 ชั่วโมงผู้ที่ตกเป็นเหยื่อมักจะเลือกไปพบแพทย์ ยาต่อต้านอาการคลื่นไส้เช่นโพเมทาซีนหรือโดรเพอริโดลมักถูกกำหนดไว้ ในกรณีที่มีอาการเจ็บคอเป็นเรื่องปกติที่แพทย์จะทำการทดสอบ strep และสั่งยาปฏิชีวนะหรือยาเพนิซิลิน
