การปลูกถ่ายตับเป็นการผ่าตัดที่มีความเสี่ยงซึ่งมักจะเป็นวิธีสุดท้ายในการช่วยชีวิตผู้ป่วย ความเสี่ยงของภาวะแทรกซ้อนจากการปลูกถ่ายตับจะเริ่มขึ้นทันทีหลังการผ่าตัดและสามารถดำเนินต่อไปอีกหลายปีหลังการผ่าตัด การปฏิเสธเป็นภาวะแทรกซ้อนที่ร้ายแรงและต่อเนื่องที่สุดและสามารถนำไปสู่การเสียชีวิตของผู้ป่วย การแข็งตัวของเลือดที่มีเลือดออกการแข็งตัวและการติดเชื้อยังเป็นภาวะแทรกซ้อนของการปลูกถ่ายตับอย่างรุนแรงทันทีหลังการผ่าตัดความเสี่ยงแต่ละครั้งจะลดลงเมื่อเวลาผ่านไป หลังจากการปลูกถ่ายตับผู้ป่วยก็ต้องเผชิญกับความเป็นไปได้ในการเกิดมะเร็ง
การผ่าตัดปลูกถ่ายเกี่ยวข้องกับการใช้อวัยวะของผู้บริจาค - บางครั้งมาจากผู้บริจาคสมองตายและบางครั้งตับบางส่วนจากบุคคลที่มีชีวิต ร่างกายปฏิบัติต่อตับใหม่ในฐานะผู้บุกรุกและระบบภูมิคุ้มกันพยายามโจมตีมันในความพยายามที่จะปฏิเสธอวัยวะ ผู้ป่วยจะได้รับยาขนาดหนักเพื่อลดความเสี่ยง แต่บางครั้งการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันก็แรงเกินไปที่จะเอาชนะการปฏิเสธการปลูกถ่ายตับ ประมาณสองในสามของผู้ป่วยปลูกถ่ายตับมีประสบการณ์การปฏิเสธระดับหนึ่ง หากรุนแรงเพียงพอจำเป็นต้องทำการปลูกถ่ายซ้ำ
ภูมิคุ้มกันที่ใช้ในการลดโอกาสในการปฏิเสธทำให้ผู้ป่วยมีความเสี่ยงสูงในการเกิดการติดเชื้อ การติดเชื้อได้รับการพิจารณาว่าเป็นภาวะแทรกซ้อนจากการปลูกถ่ายตับที่พบได้บ่อยที่สุด ผู้ที่มีภาวะสุขภาพอื่น ๆ เช่นโรคเอดส์หรือผู้ที่เพิ่งได้รับเคมีบำบัดหรือการปลูกถ่ายอวัยวะอื่นมีความอ่อนไหวต่อการติดเชื้อหลังการผ่าตัด ความเสี่ยงต่อการติดเชื้อจะลดลงเรื่อย ๆ เมื่อเวลาผ่านไปหลังการผ่าตัดและร่างกายจะปรับเป็นตับใหม่
การเสียเลือดหลังผ่าตัดใหญ่เป็นภาวะแทรกซ้อนที่พบได้บ่อยอีกอย่างหนึ่ง การมีเลือดออกเป็นเรื่องปกติของการผ่าตัดใหญ่ ๆ แต่สามารถเห็นได้ชัดเจนในการปลูกถ่ายตับ ตับใหม่จะต้องสร้างโปรตีนอย่างรวดเร็วเพื่อจับตัวเป็นลิ่ม ถ้าไม่เลือดออกยังคงมีความซับซ้อน บางครั้งเลือดสามารถถูกควบคุมผ่านการถ่ายเลือดเพื่อแทนที่เลือดที่หายไป ภาวะเลือดออกภายในหลังการปลูกถ่ายมักได้รับการแก้ไขด้วยการติดตามผล
ในทางกลับกันผู้ป่วยบางรายประสบปัญหาการแข็งตัว หลอดเลือดที่ส่งเลือดไปยังตับอาจจับตัวเป็นลิ่มหลังจากการผ่าตัดซึ่งทำให้อวัยวะและชีวิตของผู้ป่วยตกอยู่ในความเสี่ยง ผู้ป่วยจะได้รับการตรวจสอบทุกวันด้วยอัลตร้าซาวด์เป็นเวลาหลายวันหลังการผ่าตัดเพื่อตรวจจับการแข็งตัวของเลือด การผ่าตัดมักจะต้องมีการติดตามเพื่อเอาลิ่มเลือดออก
เมื่อเวลาผ่านไปความเสี่ยงของภาวะแทรกซ้อนจากการปลูกถ่ายตับก็ลดลงบ้าง ยกตัวอย่างเช่นปัญหาเรื่องเลือดการจับตัวเป็นลิ่มและการติดเชื้อลดลงเมื่อเวลาผ่านไป แต่การปฏิเสธยังคงเป็นปัญหาต่อเนื่อง ผู้ป่วยยังคงอยู่ในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่องเพื่อให้ความเสี่ยงในการปฏิเสธต่ำและการใช้อย่างต่อเนื่องสามารถนำไปสู่โรคมะเร็ง มะเร็งผิวหนังและมะเร็งต่อมน้ำเหลืองเป็นโรคแทรกซ้อนที่เกิดจากการปลูกถ่ายตับในระยะยาวที่น่าเป็นห่วงโดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันผิดปกติจะฆ่าเซลล์เม็ดเลือดขาวซึ่งปกติจะเข้าทำลายเซลล์มะเร็งร้าย
