การพยากรณ์โรคมะเร็งตับรองขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายประการ ประเภทของโรคมะเร็งปฐมภูมิที่ผู้ป่วยได้รับการวินิจฉัยมีผลอย่างมากต่อวิธีที่มะเร็งรองในตับจะตอบสนองต่อการรักษา หากมะเร็งปฐมภูมิตอบสนองได้ดีต่อการรักษาบางประเภทโอกาสที่ดีที่การรักษาแบบเดียวกันจะมีประสิทธิภาพต่อเซลล์มะเร็งในตับ ขนาดของเนื้องอกในตับและพื้นที่ที่มีผลกระทบยังมีผลต่อการพยากรณ์โรคมะเร็งตับของผู้ป่วย หากมะเร็งแพร่กระจายไปยังส่วนอื่น ๆ ของร่างกายสิ่งนี้จะส่งผลต่อโอกาสของผู้ป่วยที่จะตีมะเร็ง
สิ่งแรกที่แพทย์ควรพิจารณาเมื่อวินิจฉัยโรคมะเร็งตับระยะที่สองของผู้ป่วยคือตำแหน่งที่มะเร็งหลักเกิดขึ้น ประมาณ 50 เปอร์เซ็นต์ของผู้ป่วยมะเร็งตับรองมะเร็งเริ่มจากมะเร็งลำไส้ใหญ่ โรคมะเร็งของไต, ปอด, หน้าอกหรือกระเพาะอาหารยังสามารถนำไปสู่โรคมะเร็งตับรอง การรักษาโรคมะเร็งระยะที่สองมักจะใช้วิธีการที่แสดงให้เห็นว่าประสบความสำเร็จสูงสุดกับผู้ป่วยมะเร็งปฐมภูมิเพราะเนื้องอกในตับมักจะตอบสนองต่อการรักษาในแบบเดียวกัน
อีกปัจจัยหนึ่งที่มีผลต่อการพยากรณ์โรคมะเร็งตับลำดับที่สองคือความก้าวร้าวและรุนแรงของมะเร็งตับ หากเนื้องอกมีขนาดเล็กอาจเป็นไปได้ที่จะกำจัดมะเร็งส่วนใหญ่ผ่านการผ่าตัดซึ่งอาจส่งผลกระทบต่อโอกาสในการรอดชีวิตจากมะเร็งของบุคคล ในทำนองเดียวกันมะเร็งที่เติบโตช้าทำให้แพทย์มีเวลามากขึ้นในการรักษาโรค หากมะเร็งอยู่ในส่วนของตับที่จำเป็นต่ออวัยวะหรือถ้ามันแพร่กระจายไปทั่วตับการพยากรณ์โรคจะไม่ดี
การแพร่กระจายของมะเร็งนอกตับจะส่งผลกระทบต่อการพยากรณ์โรคมะเร็งตับของผู้ป่วยด้วยหรือไม่ หากมะเร็งถูกกักขังอยู่ในระบบหลักและตับเป็นไปได้ว่ามันสามารถควบคุมได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในทางกลับกันมะเร็งที่แพร่กระจายไปยังอวัยวะอื่น ๆ อาจทำให้ยากต่อการกำหนดเป้าหมายการรักษาไปยังระบบที่เสียหาย โดยทั่วไปยิ่งระบบที่ได้รับผลกระทบกับเซลล์มะเร็งยิ่งรักษาได้ยาก การรักษาเชิงรุกอาจมีความจำเป็นเพื่อต่อสู้กับโรคมะเร็งตับรองที่แพร่กระจายไปยังระบบอื่น
