การทดสอบปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส (PCR) ที่ใช้ในการตรวจหาไวรัสเอชไอวี (Human Immunodeficiency Virus: HIV) โดยทั่วไปถือว่ามีความแม่นยำมากแม้ว่าจะมีหลายปัจจัยที่เข้ามาเล่น การทดสอบมีความซับซ้อนสูงและต้องอ่านโดยผู้เชี่ยวชาญด้านสุขภาพที่ได้รับการฝึกฝนมาอย่างดีในการถอดรหัสผลลัพธ์ ในกรณีส่วนใหญ่การทดสอบ PCR ไม่ได้ใช้สำหรับการตรวจ HIV เป็นประจำยกเว้นในทารกที่เกิดจากแม่ที่ติดเชื้อ HIV
การทดสอบ HIV มีหลายประเภทและแต่ละแบบก็มีระดับความแม่นยำของตนเอง การทดสอบการตอบสนองอย่างรวดเร็วโดยทั่วไปถือว่ามีความแม่นยำน้อยที่สุดในขณะที่การทดสอบแอนติบอดีและการทดสอบ PCR นั้นแม่นยำที่สุด การทดสอบแอนติบอดีเป็นวิธีที่นิยมใช้กันมากเพราะมีความน่าเชื่อถืออย่างมากเมื่อใช้อย่างน้อยสามเดือนหลังจากได้รับเชื้อ ความแม่นยำของการทดสอบ HIV PCR นั้นยังไม่เป็นที่เข้าใจอย่างสมบูรณ์ แต่ก็ถือว่ามีความถูกต้องพอสมควรสำหรับการใช้งานในบางสถานการณ์
เมื่อพิจารณาถึงความถูกต้องของการทดสอบ HIV ของ PCR อาจมีหลายปัจจัยที่มีบทบาท สิ่งแรกเกี่ยวข้องกับทักษะของเจ้าหน้าที่ห้องปฏิบัติการที่อ่านการทดสอบ การทดสอบ PCR ใช้วิธีการคัดกรองขั้นสูงเพื่อตรวจหาสารพันธุกรรมของเอชไอวีมากกว่าแอนติบอดี้ มันไม่ใช่การทดสอบที่ง่ายต่อการอ่านและถอดรหัสดังนั้นผลที่ผิดพลาดมากมายอาจเกิดจากความผิดพลาดของมนุษย์ เฉพาะผู้ที่ผ่านการฝึกอบรมอย่างเต็มที่และมีประสบการณ์ในการอ่านและการทดสอบควรทำเมื่อทำการตรวจหาเชื้อเอชไอวี
อีกตัวแปรหนึ่งคือระยะเวลาระหว่างที่บุคคลสัมผัสกับไวรัสและการทดสอบ ในขณะที่ทั้งการทดสอบ PCR และแอนติบอดีสามารถตรวจพบระดับของไวรัสที่ตรวจสอบย้อนกลับได้ภายในสองสามสัปดาห์หลังจากได้รับสัมผัสการทดสอบทั้งสองนั้นแม่นยำมากที่สุดเมื่อได้รับสารสามเดือนที่ผ่านมา ไม่ว่าจะใช้ประเภทใดการทดสอบติดตามผลจะดำเนินการเสมอเพื่อให้แน่ใจว่าผลลัพธ์มีความแม่นยำที่สุดเท่าที่จะทำได้
การใช้การทดสอบ PCR สำหรับเอชไอวีไม่ได้ทำเป็นประจำในสถานการณ์ส่วนใหญ่เพราะมันยากและมีราคาแพงในการจัดการ ห้องปฏิบัติการหลายแห่งไม่มีอุปกรณ์ที่เหมาะสมสำหรับทำการทดสอบเหล่านี้ อาจใช้การทดสอบ PCR ในทารกแรกเกิดที่มีเชื้อเอชไอวีเนื่องจากแอนติบอดีจากกระแสเลือดของแม่สามารถแสดงต่อไปในการตรวจเลือดของทารกเป็นเวลาหลายเดือนหลังคลอดแม้ว่าเขาหรือเธอจะติดเชื้อ HIV สิ่งนี้ทำให้ความแม่นยำของการทดสอบเชื่อถือได้มากขึ้นในกรณีเหล่านี้
