การกำจัดองคชาตหมายถึงการกระทำหรือกระบวนการในการตัดองคชาตออกจากร่างกายของผู้ชาย อวัยวะเพศชายอาจถูกลบออกด้วยเหตุผลทางการแพทย์เช่นโรคมะเร็ง บุคคลที่ถูกเปลี่ยนเพศหรือผู้ผ่านการแปลงเพศอาจต้องการให้อวัยวะเพศของเขาถูกผ่าตัดออกในการผ่าตัดแปลงเพศ มีการบันทึกกรณีที่อวัยวะเพศชายถูกนำออกโดยไม่ตั้งใจผ่านการทำร้ายร่างกายในบางรูปแบบ การกำจัดอวัยวะเพศชายนั้นหาได้ยากในสังคมสมัยใหม่เกือบทั้งหมด
ศัพท์ทางการแพทย์สำหรับการผ่าตัดอวัยวะเพศชายคือ penectomy เหตุผลทางการแพทย์ที่พบบ่อยที่สุดสำหรับการทำเพ็นเทอรีคือมะเร็งอวัยวะเพศชายและการบาดเจ็บอวัยวะเพศของเด็กในระหว่างการขลิบ มะเร็งอวัยวะเพศชายเป็นโรคที่พบได้ทั่วไปในอเมริกาเหนือและยุโรป แต่ในแอฟริกาและอเมริกาใต้มะเร็งอวัยวะเพศชายคิดเป็น 10% ของมะเร็งทั้งหมดที่ผู้ชายพัฒนา ในโอกาสที่หายากการขลิบในวัยเด็กอาจส่งผลให้เกิดความผิดปกติอย่างร้ายแรงที่ทำให้อวัยวะเพศชายเกือบไร้ประโยชน์ ในกรณีที่รุนแรงตัวเลือกทางการแพทย์เท่านั้นอาจเป็นการกำจัดอวัยวะเพศชาย
Penectomy อาจเป็นบางส่วนหรือรุนแรงขึ้นอยู่กับความรุนแรงของสภาพ Penectomy บางส่วนสามารถดำเนินการเพื่อบันทึกส่วนหนึ่งของอวัยวะเพศชายโดยมีเพียงบางส่วนเท่านั้นโดยปกติจะเป็นส่วนปลายหรือลึงค์ การถอนฟันที่รุนแรงจะกำจัดอวัยวะเพศชายทั้งหมด ในกรณีเช่นนี้เพลาทั้งหมดของอวัยวะเพศชายจะถูกลบออกและท่อถูกแทรกเข้าไปในท่อปัสสาวะชายที่ลำตัวเพื่อช่วยในการถ่ายปัสสาวะ
ผู้หญิงที่ถูกเปลี่ยนเพศซึ่งเป็นบุคคลที่เกิดในเพศชาย แต่เป็นผู้ที่ระบุว่าตนเองเป็นเพศหญิงอาจเข้ารับการผ่าตัดแปลงเพศ การดำเนินการที่จำเป็นสำหรับขั้นตอนนี้มีจำนวนมาก แต่ในที่สุดก็มีการดำเนินการทางทันตกรรม การกำจัดอวัยวะเพศชายชนิดนี้ส่วนใหญ่มักจะเป็นบางส่วนเนื่องจากศัลยแพทย์ไม่ได้ทำการกำจัดอวัยวะอย่างสมบูรณ์ แต่เปลี่ยนรูปร่างให้เป็นกายวิภาคหญิงที่ต้องการ
ในระหว่างการเจาะอวัยวะเพศเพื่อกำหนดอวัยวะเพศใหม่เพลาของอวัยวะเพศชายจะกลับหัวเพื่อสร้างช่องคลอดในขณะที่อวัยวะเพศลึงค์จะกลายเป็นอวัยวะเพศหญิงทำงานอย่างเต็มที่ ท่อปัสสาวะถูกย้ายไปยังตำแหน่งเพศหญิงที่ถูกต้องทางกายภาพ ในบางกรณีพบว่ามีความจำเป็นต้องมีการผ่าตัดฝังรากฟันเนื่องจากภาวะแทรกซ้อนทางการแพทย์
มีการรายงานกรณีการจู่โจมซึ่งอวัยวะเพศชายถูกบังคับโดยไม่ได้ตั้งใจ บ่อยครั้งที่แรงจูงใจในการกำจัดอวัยวะเพศชายถูกบังคับให้แก้แค้นหรือความปรารถนาที่จะเห็นการหลั่งของอวัยวะเพศชาย กองทัพพิชิตบางแห่งในสมัยโบราณได้รับรายงานว่าได้ตัดอวัยวะเพศชายออกจากศัตรูที่ถูกปราบปราม อาจมีการดำเนินการอย่างใดอย่างหนึ่งเพื่อประเมินการสูญเสียทั้งหมดของฝ่ายตรงข้ามหรือเพื่อรวบรวมถ้วยรางวัล
