แม้ว่าเสียงร้องของ "มันเป็นผู้หญิง!" หรือ "มันเป็นเด็กผู้ชาย!" เป็นสิ่งที่คนส่วนใหญ่คาดหวังในห้องคลอดบางครั้งเพศไม่ชัดเจนทันทีเพราะทารกมีอวัยวะเพศที่คลุมเครือซึ่งอาจมีลักษณะของอวัยวะเพศชายและหญิง ทำให้ยากที่จะระบุเพศของเด็ก ในกรณีนี้อาจใช้เวลาสักครู่เพื่อตรวจสอบเพศพันธุกรรมของทารกและตัดสินใจว่าจะใช้ขั้นตอนใด
สิ่งต่าง ๆ จำนวนมากสามารถนำไปสู่องคชาตที่ไม่ชัดเจน หนึ่งคือความผิดปกติของโครโมโซมซึ่งมีจำนวนค่อนข้างมากซึ่งนำไปสู่การพัฒนาที่ผิดปกติของอวัยวะเพศในระหว่างการพัฒนาของทารกในครรภ์ คนที่มีความผิดปกติของโครโมโซมอาจมีโครโมโซมเพศ XXY เงื่อนไขที่มีมา แต่กำเนิดหลายอย่างเช่นต่อมหมวกไต hyperplasia แต่กำเนิดยังสามารถนำไปสู่อวัยวะเพศที่ไม่ชัดเจน
สิ่งอื่น ๆ อาจรวมถึงความผิดปกติในระดับฮอร์โมนในระหว่างการพัฒนาการเปลี่ยนแปลงแบบสุ่มที่เกิดขึ้นในระหว่างการพัฒนาของทารกในครรภ์หรือการสัมผัสกับยาที่ใช้โดยแม่ ปัจจัยทั้งหมดเหล่านี้สามารถทำให้เกิดสิ่งต่าง ๆ เช่นคลิตอริสในผู้หญิงขยายพร้อมกับการเปลี่ยนแปลงอื่น ๆ ในอวัยวะเพศหญิงซึ่งอาจทำให้เพศของทารกไม่ชัดเจนในขณะที่เด็กผู้ชายอาจมีอวัยวะเพศชายที่มีขนาดเล็กกว่าค่าเฉลี่ย อัณฑะของพวกเขาซึ่งอาจนำไปสู่ความสับสนเมื่อพยายามที่จะกำหนดเพศของทารก
ในหลายกรณีองคชาตที่คลุมเครือไม่ได้อันตรายและพวกมันได้รับการแก้ไขเบื้องต้นเนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับการขัดเกลาทางสังคม ในอีกกรณีหนึ่งพวกมันจะเชื่อมโยงกับสภาพพันธุกรรมที่อันตรายซึ่งในกรณีนี้พวกเขาเป็นอาการของปัญหาที่ใหญ่กว่า ด้วยเหตุนี้แพทย์ชอบที่จะใช้เวลาของพวกเขาเมื่อพบว่าทำไมทารกมีอวัยวะเพศที่คลุมเครือเพื่อให้ผู้ปกครองจะรู้เรื่องราวที่สมบูรณ์ซึ่งจะช่วยให้พวกเขาในการตัดสินใจมากที่สุดเกี่ยวกับสิ่งที่ต้องทำ
เมื่ออวัยวะเพศมีความกำกวมเนื่องจากสภาพที่เป็นอันตรายสภาพนั้นจำเป็นต้องได้รับการรักษาหรือแก้ไขก่อนที่จะย้ายไปยังประเด็นของอวัยวะเพศในขณะที่ในกรณีที่สาเหตุดังกล่าวถูกตัดออกอวัยวะเพศอาจเป็นปัญหาหลัก การรักษาที่มีอยู่สำหรับองคชาตที่คลุมเครือ ได้แก่ ฮอร์โมนเพื่อกระตุ้นอวัยวะเพศให้พัฒนาในทิศทางเดียวหรืออย่างอื่นหรือการผ่าตัดเพื่อแก้ไขรูปแบบของการก่อตัวของอวัยวะเพศ บางครั้งการผ่าตัดก็เป็นสิ่งที่จำเป็นเช่นกันเพราะความผิดปกติในบางครั้งในการก่อตัวของอวัยวะเพศทำให้เกิดปัญหาเช่นท่อปัสสาวะปิด
มีการถกเถียงกันเรื่องการรักษาอวัยวะเพศที่ไม่ชัดเจน องค์กรที่สนับสนุนคนที่รู้จักกันในชื่อ“ intersex” เพราะพวกเขาไม่ใช่เฉพาะชายหรือหญิงทำให้เกิดความกังวลเกี่ยวกับสถานการณ์ที่พ่อแม่อาจถูกบังคับให้เลือกเพศเพื่อลูก ในกรณีที่เด็กมีเพศสัมพันธ์ทางพันธุกรรมที่ชัดเจนและจำเป็นต้องได้รับการรักษาน้อยที่สุดเพื่อกระตุ้นอวัยวะเพศให้อยู่ในแนวเดียวกันกับเพศนั้นการรักษาก็ไม่ขัดแย้งกัน แต่เมื่อจำเป็นต้องทำศัลยกรรมหรือมาตรการอื่น ๆ บางองค์กรแนะนำว่าเด็กควรได้รับอนุญาตให้โตขึ้นและตัดสินใจด้วยตนเอง ผู้ปกครองที่เลือกใช้ตัวเลือกนี้มีจำนวนน้อยส่วนหนึ่งเป็นเพราะความกังวลอย่างมากเกี่ยวกับปัญหาสังคมเด็กหรือผู้ใหญ่ที่มีอวัยวะเพศที่ไม่ชัดเจนสามารถเผชิญได้ ในบางกรณีเด็ก intersex ที่ได้รับมอบหมายให้มีเพศสัมพันธ์ตั้งแต่แรกเกิดจะมีเอกลักษณ์ทางเพศที่แตกต่างออกไป
