เมื่อระบบภูมิคุ้มกันทำงานได้ตามปกติร่างกายจะพัฒนาความทนทานต่อการตอบสนองต่อโปรตีนของตัวเอง อย่างไรก็ตามในบางกรณีสถานะของภูมิต้านทานผิดปกติอาจพัฒนาขึ้นซึ่งระบบภูมิคุ้มกันจะรับรู้และตอบสนองต่อโปรตีนในร่างกายอย่างน้อยหนึ่งตัว เมื่อสิ่งนี้เกิดขึ้นปฏิกิริยาทางภูมิคุ้มกันที่เกิดขึ้นอาจส่งผลกระทบอย่างรุนแรงต่อสุขภาพ
ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายได้พัฒนาไปสู่การตอบสนองที่มีความเชี่ยวชาญสูงซึ่งรับรู้และทำลายโปรตีนและสิ่งมีชีวิตต่างประเทศ ในเรื่องนี้ระบบภูมิคุ้มกันแยกความแตกต่างระหว่าง "ตัวเอง" และ "ไม่ใช่ตัวเอง" โปรตีนที่ผลิตโดยร่างกายเป็น ตัวเอง และก่อให้เกิดสถานะของความอดทนทางภูมิคุ้มกัน; โปรตีนจากไวรัสแบคทีเรียปรสิตพืชสัตว์และมนุษย์อื่น ๆ ไม่ใช่ตัวเอง และอาจก่อให้เกิดการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน
ความทนทานต่อระบบภูมิคุ้มกันเป็นสภาวะที่การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันถูกยับยั้งอย่างแข็งขันต่อโปรตีนในตนเอง อย่างไรก็ตามในบางสถานการณ์ร่างกายสามารถพัฒนาการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันได้ดีกว่าการทนต่อโปรตีนในตัวเองอย่างน้อยหนึ่งตัว การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่กำกับตนเองนี้เรียกว่าภูมิคุ้มกันตนเอง
ความผิดปกติของภูมิต้านทานผิดปกติที่รู้จักกันดี ได้แก่ โรคเบาหวานประเภท 1 และโรคไขข้ออักเสบรวมถึงโรคเส้นโลหิตตีบและโรคลูปัส ในแต่ละกรณีอาการของโรคแพ้ภูมิตัวเองจะเกิดขึ้นเมื่อระบบภูมิคุ้มกันโจมตีโปรตีนในตัวเอง การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่เกิดขึ้นอาจทำให้เนื้อเยื่อถูกทำลายการอักเสบเรื้อรังและอาการอื่น ๆ ที่ทำให้ร่างกายอ่อนแอ
ในกรณีของโรคเบาหวานประเภท 1 เซลล์ภูมิคุ้มกันทำลายเซลล์ที่ผลิตอินซูลินของตับอ่อนซึ่งนำไปสู่ความต้องการแหล่งที่มาของอินซูลินภายนอก ในทางตรงกันข้ามโรคไขข้ออักเสบเป็นผลมาจากการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันของเซลล์ไปยังเนื้อเยื่อข้อต่อซึ่งทำให้เกิดอาการปวดเรื้อรังและการอักเสบ โรคลูปัสเกิดขึ้นเมื่อร่างกายผลิตแอนติบอดี autoimmune ที่ตอบสนองต่อชนิดของโปรตีนที่พบในเกือบทุกเซลล์ในร่างกาย รูปแบบของโรคนี้อาจเป็นอันตรายโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับความสามารถในการส่งผลกระทบต่ออวัยวะข้อต่อกล้ามเนื้อและเลือด
ในขณะที่ยังไม่ทราบสาเหตุทั่วไปของการแพ้ภูมิตัวเองทฤษฎีต่าง ๆ พยายามที่จะอธิบายถึงรูปแบบของการพัฒนาโรคภูมิต้านทานผิดปกติในประชากร ทฤษฎีหนึ่งสร้างขึ้นจากข้อเท็จจริงที่ว่าผู้หญิงมีแนวโน้มที่จะพัฒนาภูมิต้านทานผิดปกติมากกว่าผู้ชายและยิ่งไปกว่านั้นการตั้งครรภ์จะเพิ่มความเสี่ยงของผู้หญิงในการพัฒนาโรคภูมิต้านตนเอง ตามทฤษฎีนี้ความเสี่ยงนี้เพิ่มขึ้นเนื่องจากผู้หญิงมีการสัมผัสกับโปรตีนของทารกในครรภ์ข้ามสิ่งกีดขวางรกในระหว่างตั้งครรภ์ซึ่งอาจขัดขวางความทนทานต่อโปรตีนในตนเอง
อีกทฤษฎีหนึ่งพยายามอธิบายว่าทำไมอุบัติการณ์ของโรคภูมิต้านทานผิดปกติได้เพิ่มขึ้นในหลายประเทศตะวันตกในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา สมมติฐานด้านสุขอนามัยอธิบายว่าการมุ่งเน้นด้านสุขอนามัยที่เพิ่มขึ้นนำไปสู่การลดการสัมผัสกับโปรตีนที่ไม่ใช่ตัวเองและลดโอกาสสำหรับระบบภูมิคุ้มกันในการ "เรียนรู้" วิธีแยกแยะความแตกต่างระหว่างตัวเองและไม่ใช่ตัวเอง มีหลักฐานบางอย่างสำหรับทฤษฎีนี้ในความจริงที่ว่า autoimmunity เป็นที่แพร่หลายมากขึ้นในโลกตะวันตกกว่าในประเทศที่โรคติดเชื้ออย่างใดอย่างหนึ่งหรือมากกว่าจะมีถิ่นที่อยู่ในประชากร
