ลำดับ bisulfite คืออะไร?

การจัดลำดับ Bisulfite เป็นวิธีการวิเคราะห์ภูมิภาคต่าง ๆ ของ DNA โดยใช้ methylationเมทิลเลชั่นเป็นกระบวนการของการเพิ่มโมเลกุลเฉพาะที่เรียกว่ากลุ่มเมธิลไปยังนิวคลีโอไทด์ในกรณีนี้มักจะเป็นไซโตซีนนิวคลีโอไทด์ที่ไม่ได้ใช้งานมักจะเป็นเมทิลเลตดังนั้นวิธีนี้สามารถใช้สำหรับวัตถุประสงค์ที่หลากหลายตั้งแต่การกำหนดภูมิภาคที่ใช้งานของจีโนมไปจนถึงการระบุภูมิภาคที่มียีนที่อุดมด้วยยีนในการจัดลำดับ bisulfite cytosines methylated จะไม่ได้รับผลกระทบจากกระบวนการเรียงลำดับในขณะที่ cytosines ที่ไม่ใช่เมธิลถูกแปลงเป็น uracil นิวคลีโอไทด์ที่ไม่พบในสารพันธุกรรม, กรด deoxyribonucleic (DNA)เมทิลเลชั่นการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในการผูกมัดสามารถให้ข้อมูลเฉพาะนักวิจัยเกี่ยวกับนิวคลีโอไทด์เฉพาะSodium Bisulfite แปลง cytosine เป็น uracil แต่การแปลงเกิดขึ้นในสภาพแวดล้อมที่ methylated cytosine จะไม่ผ่านการเปลี่ยนแปลงนี้เมื่อการจัดลำดับ Bisulfite เสร็จสมบูรณ์ DNA ดั้งเดิมจะถูกแปลงเป็นโมเลกุลที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญCytosines จะหมดลงอย่างมากหรืออาจขาดหายไปหาก cytosine ยังคงพบในโมเลกุลที่ถูกแปลงนี้มันแสดงถึง cytosine methylated ตามธรรมชาติในจีโนมภายใต้การพิจารณา

ข้อเสียเปรียบที่สำคัญที่สุดคือต้องมีความเข้มข้นของเกลือสูงมากเพื่อทำงานอย่างถูกต้องเกลือส่งเสริมการหลอมของดีเอ็นเอที่มีเกลียวเดี่ยวเข้าสู่เกลียวคู่ที่เป็นธรรมชาติมากขึ้นและโซเดียม bisulfite ไม่สามารถเข้าถึง cytosines ได้เสมอเมื่อพวกเขาเป็นส่วนหนึ่งของ DNA ที่มีเส้นสายสองเท่าหากความเข้มข้นของเกลือสูงเกินไป cytosines จำนวนหนึ่งอาจไม่ถูกแปลงเป็น uracil ส่งผลให้เกิดการระบุ methylated cytosines ที่ผิดพลาดภายในจีโนมอาจจำเป็นต้องลดจำนวนการระบุตัวตนที่ผิดพลาดที่ผิดพลาดข้อมูลจีโนมจำนวนมากไม่จำเป็นสำหรับการจัดลำดับ bisulfite ดังนั้นวิธีนี้จึงมีการวิเคราะห์ตัวอย่างทางคลินิกที่มีประโยชน์แหล่งที่มาของกรดนิวคลีอิกดั้งเดิมไม่สำคัญ แต่แหล่งที่มาจะต้องเป็น DNAในทางทฤษฎีกรด ribonucleic (RNA) สามารถจัดลำดับโดยใช้วิธีนี้เนื่องจาก RNA ส่วนใหญ่เป็นเดี่ยวติดอยู่และจะไม่ไวต่อการเป็นบวกเท็จเนื่องจากนิวคลีโอไทด์ที่ถูกบล็อกอย่างไรก็ตามเมื่อนำไปปฏิบัติการเรียงลำดับ bisulfite ไม่เป็นประโยชน์สำหรับ RNA เนื่องจาก RNA ตามธรรมชาติมี uracil อยู่ในนั้นหากไม่มีการทำเครื่องหมายภายนอกหรือเพิ่มเติมจากโปรโตคอลการแปลง cytosines จะแยกไม่ออกจาก uracil ธรรมชาติเมื่อดำเนินการตามลำดับวิธีการเรียงลำดับความแม่นยำและความแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็นวิธีการที่ละเอียดอ่อนเช่นการจัดลำดับ bisulfite นำเสนอวิธีการวิเคราะห์ลำดับที่เชื่อถือได้ซึ่งจะช่วยให้การวิเคราะห์ยีนและการระบุเป้าหมายสำหรับยาเสพติดและการรักษาแม้ว่าวิธีนี้จะไม่สามารถใช้กับคนที่มีชีวิตได้ แต่ก็ยังสามารถช่วยได้อย่างยอดเยี่ยมด้วยตัวอย่างเนื้อเยื่อที่น้อยที่สุดเท่านั้นที่จะทำงานด้วย