ต่อมไทรอยด์เป็นต่อมที่อยู่ในลำคอที่สร้างฮอร์โมนที่รับผิดชอบในการทำงานของการเผาผลาญอาหารตามปกติ การเชื่อมต่อระหว่างต่อมไทรอยด์และการมีประจำเดือนแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับว่าต่อมไทรอยด์ของผู้หญิงทำงานปกติทำงานมากเกินไปหรือทำงานหนักพอ หากต่อมไทรอยด์ทำงานอย่างที่ควรจะเป็นไปได้มากที่สุดว่าจะไม่มีผลกระทบต่อรอบการมีประจำเดือนของผู้หญิงเลย ต่อมไทรอยด์ที่โอ้อวดหรือที่เรียกว่า "ซึ่งกระทำมากกว่าปกติ" หรือต่อมไทรอยด์ที่ไม่ทำงานซึ่งรู้จักกันในนาม "hypoactive" สามารถนำไปสู่วงจรการมีประจำเดือนที่ผิดปกติเช่นเดียวกับปัญหาอื่น ๆ
เมื่อต่อมไทรอยด์ของบุคคลไวเกินจะเรียกว่า hyperthyroidism จากเงื่อนไขนี้ไทรอยด์ของผู้หญิงสามารถผลิตฮอร์โมนได้มากกว่าที่ร่างกายต้องการ เด็กผู้หญิงที่มีปัญหาต่อมไทรอยด์และการมีประจำเดือนมากเกินไปอาจไม่ได้รับประจำเดือนจนกว่าจะอายุ 15 ปี ผู้หญิงที่ประสบปัญหานี้จะมีช่วงเวลาที่ผิดปกติและเบามาก
เมื่อกล่าวถึงต่อมไทรอยด์และการมีประจำเดือนฮอร์โมนไทรอยด์ในปริมาณที่มากเกินไปมักจะหมายความว่าผู้หญิงอาจมีประจำเดือนหรือมี oligomenorrhea ปัญหาเกี่ยวกับประจำเดือนหมายถึงกรณีที่ไม่มีรอบเดือนในผู้หญิง ประจำเดือนมีอยู่สองชนิดแตกต่างกันไป ครั้งแรกเรียกว่า amenorrhea หลักซึ่งผู้หญิงไม่เคยพัฒนาระยะเวลาและอื่น ๆ ที่เป็น amenorrhea รองที่รอบประจำเดือนของผู้หญิงเริ่ม แต่แล้วหยุดเกิดขึ้น ในทางกลับกัน Oligomenorrhea เป็นเงื่อนไขของช่วงเวลาไม่บ่อยนักการวินิจฉัยเมื่อผู้หญิงมีเพียงหกถึงแปดช่วงในทั้งปี
ปัญหาอื่นที่เกิดขึ้นเนื่องจากการเชื่อมต่อระหว่างต่อมไทรอยด์และมีประจำเดือนคือภาวะพร่อง ในสภาพเช่นนี้ไทรอยด์ผลิตฮอร์โมนไม่เพียงพอต่อความต้องการของร่างกายดังนั้นเมแทบอลิซึมจะช้าลงมาก เด็กสาวหลายคนที่มีปัญหานี้เริ่มต้นช่วงเวลาก่อนอายุสิบขวบ เงื่อนไขนี้สามารถนำไปสู่อาการต่าง ๆ เช่นการเพิ่มน้ำหนักอ่อนเพลียซึมเศร้าและอารมณ์แปรปรวนและมักจะนำไปสู่ช่วงเวลาและช่วงเวลาที่หนักหน่วงที่เกิดขึ้นบ่อยกว่าที่ควรจะเป็น
ผู้หญิงที่ทุกข์ทรมานจากปัญหาไทรอยด์และมีประจำเดือนที่ไม่ได้ใช้งานบางครั้งอาจทำให้เกิดปัญหาที่เรียกว่า menorrhagia ด้วยปัญหานี้ช่วงเวลาของผู้หญิงสามารถหนักกว่าและเกิดขึ้นเป็นระยะเวลานาน ปัญหาอื่นที่สามารถเกิดขึ้นได้คือประจำเดือนซึ่งทำให้เกิดช่วงเวลาที่เจ็บปวดอย่างมาก ปัญหานี้อาจทำให้เกิดตะคริวและความเจ็บปวดในแขนขาหลังและศีรษะของผู้หญิง ปัญหาอาจเกิดขึ้นกับลำไส้ของบุคคลเนื่องจากประจำเดือนทำให้เกิดการเคลื่อนไหวของลำไส้ผิดปกติ
